Có nhiều nguyên tắc quản lý làm cơ sở để quản lý sinh vật ngoại lai xâm hại. Các nguyên tắc này giúp hƣớng dẫn và đƣa ra các phán quyết ƣu tiên về quản lý. Nhằm hƣớng dẫn các quốc gia và tổ chức trong xây dựng chiến lƣợc nhằm giảm thiểu sự lan rộng và tác động của sinh vật ngoại lai xâm hại, CBD đã phát triển bộ Nguyên tắc hƣớng dẫn gồm 15 nguyên tắc. CBD cũng khuyến cáo cần linh hoạt khi áp dụng các nguyên tắc này, do bản thân hệ sinh thái cũng thay đổi theo thời gian và sự phân bố của các loài cũng thay đổi khi không có tác động của con ngƣời.
Những nguyên tắc dƣới đây đƣợc phỏng theo từ “Những nguyên tắc hƣớng dẫn để ngăn ngừa và làm giảm nhẹ tác động của sinh vật ngoại lai xâm hại đang đe dọa các hệ sinh thái, các sinh cảnh và loài sinh vật khác” nêu trên của Công ƣớc về Đa dạng Sinh học.
*Nguyên tắc phòng ngừa
Phòng ngừa là sự lựa chọn lợi nhất và cần đƣợc ƣu tiên trong quản lý sinh vật ngoại lai. Nguyên tắc phòng ngừa cần áp dụng cho các trƣờng hợp sau:
Khi giải quyết việc nhập nội có chủ đích với bất kỳ loài sinh vật nào, nhất là những loài đã đƣợc biết là loài ngoại lai xâm hại ở một nơi nào đó trên thế giới;
Khi thực hiện những biện pháp quản lý đối với các con đƣờng nhập nội không chủ đích;
Khi quyết định về việc diệt trừ triệt để, ngăn chặn hay biện pháp phòng trừ cần đƣợc áp dụng đối với loài sinh vật ngoại lai đã tạo lập đƣợc quần thể.
* Nguyên tắc tiếp cận hệ sinh thái
“Hệ sinh thái” là một phức hệ động của các quần xã gồm thực vật, động vật, vi sinh vật và môi trƣờng vô sinh của các quần xã đó, chúng tác động với
nhau nhƣ một đơn vị chức năng (Điều 2, Công ƣớc CBD). Các biện pháp quản lý SVNLXH đƣợc áp dụng phải phù hợp với định ngh a về hệ sinh thái này, tức là phải bảo vệ đơn vị chủ yếu cấu thành các cấu trúc, quá trình, chức năng và quan hệ qua lại giữa các loài sinh vật với môi trƣờng vô sinh của chúng.
Nguyên tắc tiếp cận hệ sinh thái là chiến lƣợc quản lý tổng hợp đất, nƣớc và các sinh vật sao cho thúc đẩy sự bảo tồn và sử dụng bền vững theo cách hợp lý. Nguyên tắc này dựa trên việc áp dụng hệ phƣơng pháp khoa học phù hợp và tập trung ở nhiều mức độ của tổ chức sinh vật. Nguyên tắc này cũng ghi nhận con ngƣời cũng nhƣ hoạt động sản xuất rất đa dạng và là một thành phần không thể thiếu của các hệ sinh thái.
* Nguyên tắc chia sẻ thông tin
Chia sẻ thông tin là vấn đề quan trọng và cấp bách để cải thiện năng lực của chúng ta đối với sự đe dọa của sinh vật ngoại lai xâm hại. Điều này có ngh a là chúng ta phải sử dụng tốt nhất những thông tin có sẵn trong xây dựng và thực hiện các biện pháp quản lý sinh vật ngoại lai xâm hại.
Sinh vật ngoại lai xâm hại không có biên giới vì vậy việc chia sẻ thông tin ở các mức độ (địa phƣơng với địa phƣơng, quốc gia với nhau, trong vùng và toàn cầu) là cần thiết và có giá trị.
Thông tin cần chia sẻ có thể liên quan đến bản thân sinh vật ngoại lai xâm hại hoặc liên quan đến biện pháp quản lý chúng. Đó là các thông tin nhƣ cơ sở dữ liệu về loài, sự phân bố, thông tin liên quan đến phân loại, đặc điểm sinh vật học, sinh thái học, di truyền học của loài, các biện pháp ngăn ngừa và phòng trừ sẵn có, hƣớng dẫn của một quốc gia hay một vùng lãnh thổ.
Chia sẻ thông tin tạo nên sự hợp tác và làm cho vấn đề dễ quản lý hơn. Nguyên tắc chia sẻ thông tin là không thể thiếu đối với mỗi quốc gia trong việc xây dựng cơ chế phát hiện sớm phản ứng nhanh không chỉ đối với sinh vật ngoại lai xâm hại và đối với tất cả các l nh vực cần áp dụng cơ chế này.
* Nguyên tắc người sử dụng trả chi phí
Nguyên tắc này áp dụng đối với những yêu cầu cho phép nhập nội một loài sinh vật mới. Ngƣời sử dụng hay “bên chịu trách nhiệm” là chủ thể tiến hành hoạt động nhập nội này, đƣợc hƣởng lợi từ việc nhập nội sinh vật ngoại lai và cũng có thể dẫn đến nhập nội loài sinh vật ngoại lai xâm hại. Bởi vậy, mọi chi phí liên quan đến quá trình nhập nội một loài sinh vật mới và trách nhiệm dẫn chứng để giải thích sự làm đúng theo luật thì ngƣời sử dụng phải chi trả.
Giống nhƣ một cơ chế bồi hoàn, bên chịu trách nhiệm phải chi trả cho những hậu quả mà họ tạo ra đối với môi trƣờng, đa dạng sinh học, sức khỏe con ngƣời. Tuy nhiên, nguyên tắc này chỉ đƣợc thực hiện và thực hiện có hiệu quả khi Chính phủ xây dựng đƣợc một hành lang pháp lý phù hợp, tức là phải tạo ra cơ chế có tính pháp lý và rõ ràng thì mới quy đƣợc trách nhiệm và mức độ trách nhiệm.
* Nguyên tắc đa ngành
Về bản chất, quản lý sinh vật ngoại lai xâm hại là áp dụng một hệ thống các biện pháp kỹ thuật sẵn có để hạn chế tác hại của sinh vật ngoại lai xâm hại mà đảm bảo đáp ứng đƣợc yêu cầu về phát triển bền vững kinh tế, xã hội và môi trƣờng. Để thực hiện đƣợc phải có sự hợp tác của nhiều ngành khác nhau nhƣ quản lý môi trƣờng, nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, kiểm dịch động vật, kiểm dịch thực vật, y tế, giao thông vận tải, ...
* Nguyên tắc cộng đồng
Nguyên tắc này thể hiện rằng, vấn đề SVNLXH không chỉ là trách nhiệm của mỗi cơ quan quản lý mà của toàn thể xã hội. Vì vậy, nguyên tắc dựa vào cộng đồng đóng vai tr quan trọng trong quản lý loài ngoại lai xâm hại, đặc biệt trong các khâu phát hiện, phòng ngừa, diệt trừ các loài ngoại lai xâm hại trên địa bàn.