Hiện nay, nƣớc ta là một nƣớc đang phát triển vì vậy ngoài việc đẩy mạnh phát triển kinh tế thì việc bảo vệ môi trƣờng cũng đang là vấn đề mà nhà nƣớc ta quan tâm. Nguồn nƣớc là nhân tố quan trọng trong môi trƣờng, do vậy công tác bảo vệ môi trƣờng cần chú trọng tới bảo vệ nguồn nƣớc. Ô nhiễm nƣớc hay nói khác là sự biến đổi chất lƣợng nƣớc, làm nhiễm bẩn nƣớc và gây nguy hiểm cho con ngƣời,
sinh vật và hoạt động sản xuất công nghiệp, nông nghiệp. Ô nhiễm nƣớc có nguồn gốc tự nhiên và nguồn gốc nhân tạo.
Việc nhận thức của nhiều tổ chức, ngƣời dân về quản lý bảo vệ tài nguyên nƣớc còn rất hạn chế hoặc cố ý làm trái quy định pháp luật của Luật Tài nguyên nƣớc. Còn nhiều cơ sở chƣa chấp hành nghiêm quy định của pháp luật về tài nguyên nƣớc, nhất là việc xin cấp giấy phép khai thác sử dụng nƣớc và xả nƣớc thải vào nguồn nƣớc.
Hoạt động quản lý, kiếm soát ô nhiễm nƣớc mới tập trung ở khu vực đô thị và các đoạn sông xung quanh thành phố và khu công nghiệp; nhiều làng nghề và các vùng nông thôn xả nƣớc thải vào nguồn nƣớc chƣa qua xử lý, hoặc xử lý không đạt quy chuẩn môi trƣờng đã xả nƣớc thải vào nguồn nƣớc.
Lực lƣợng cán bộ làm công tác quản lý nhà nƣớc về tài nguyên nƣớc còn thiếu và yếu. Đặc biệt cấp huyện,xã còn thiếu về số lƣợng, hầu hết chỉ có 1 cán bộ làm công tác kiêm nhiệm nhiều lĩnh vực, gần nhƣ không có chuyên môn về tài nguyên nƣớc, nên việc quản lý và kiểm tra việc chấp hành các quy định về tài nguyên nƣớc còn yếu, các vi phạm không đƣợc phát hiện và xử lý kịp thời. Điều này đã làm giảm hiệu quả của công tác quản lý nhà nƣớc về tài nguyên nƣớc tại địa phƣơng. Ở cấp xã, nhiệm vụ quản lý tài nguyên, môi trƣờng nói chung và tài nguyên nƣớc nói riêng chƣa đƣợc phân cấp cụ thể. Mỗi xã, phƣờng chỉ có cán bộ địa chính thực hiện nhiệm vụ quản lý đất đai là chủ yếu. Nhiệm vụ quản lý tài nguyên nƣớc ở cấp huyện, xã hầu nhƣ chƣa đƣợc triển khai.
Với nhiều thông số quản lý nhƣ vậy, cùng với lƣợng cán bộ quản lý nguồn nƣớc hạn hẹp nên hàng năm các cơ quan quản lý phải xử lý một số lƣợng lớn các hồ sơ và số liệu khác nhau cũng nhƣ gặp nhiều khó khăn trong việc thu thập, xử lý, lƣu trữ và truy xuất thông tin đáp ứng nhu cầu của các nhà quản lý, điều hành.