Đối với một tỉnh có mật độ dân số cao và nhiều khu công nghiệp nhƣ tỉnh Bắc Ninh thì việc quản lý tài nguyên, đặc biệt tài nguyên nƣớc là rất quan trọng. Nếu không có sự quản lý chặt chẽ thì chất lƣợng nƣớc ngầm sẽ nhanh chóng bị suy giảm và kéo theo đó là sự ô nhiễm của các môi trƣờng khác nhƣ môi trƣờng đất, hiện tƣợng sụt lún đất.
Hiện tại, toàn tỉnh có 62 làng nghề, trong đó có 30 làng nghề truyền thống và 32 làng nghề mới. Cùng với sự giàu lên nhanh chóng từ các làng nghề là tình trạng ô nhiễm môi trƣờng nghiêm trọng, gây nguy hại trực tiếp đến đời sống và sức khỏe của ngƣời dân. Kết quả điều tra, khảo sát chất lƣợng môi trƣờng tại một số làng nghề trên địa bàn Bắc Ninh cho thấy, mức độ ô nhiễm nguồn nƣớc (thông qua các chỉ số DO , BOD5, COD, pH...) đều vƣợt tiêu chuẩn cho phép từ 2,5 đến 5,3 lần. Bên cạnh những làng nghề đã có từ lâu, trong quá trình phát triển kinh tế, Bắc Ninh quy hoạch đƣợc 15 khu công nghiệp (KCN) tập trung, trong đó có 10 KCN đã đi vào hoạt động. Năm KCN đã đầu tƣ hệ thống xử lý nƣớc thải tập trung, các khu còn lại do tỷ lệ các doanh nghiệp vào chƣa nhiều, cho nên hệ thống này chƣa đƣợc xây dựng. Tại các cụm công nghiệp, hầu nhƣ nƣớc thải của các nhà máy, xí nghiệp không qua xử lý mà thải trực tiếp ra môi trƣờng bên ngoài.
Theo số liệu thống kê, trên địa bàn toàn tỉnh, mỗi ngày có khoảng 500 tấn chất thải sinh hoạt, 200 tấn chất thải công nghiệp, hai tấn chất thải y tế thải ra môi trƣờng. Trung bình mỗi năm, lƣợng chất thải rắn sinh hoạt tăng 10%, chất thải rắn công nghiệp tăng 15%, chất thải y tế tăng 8%. Các khu vực thành thị tập trung dân cƣ là nguồn phát sinh chủ yếu các loại chất thải rắn sinh hoạt, chỉ tính riêng TP Bắc Ninh và thị xã Từ Sơn mỗi ngày thải ra hơn 200 tấn. Chung quanh các KCN, số dân tăng cơ học chiếm tỷ lệ cao, không cố định cũng tạo nên áp lực lớn đối với môi trƣờng. Bà Trần Thị Loan ở xã Yên Trung, huyện Yên Phong cho biết: Ngày nào cũng thấy một lƣợng lớn rác tập kết về các bãi chứa, chỉ cần một ngày không đƣợc
vận chuyển "vì lý do gì đó" thì cả xã nhƣ ngập trong rác. Từ nhà ra ngõ đâu đâu cũng ngồn ngộn rác.
Đặc biệt, sông Cầu tiếp nhận nhiều lƣợng nƣớc thải sinh hoạt sản xuất từ thƣợng nguồn và chảy qua địa bàn thành phố Bắc Ninh và sông Ngũ Huyện Khê chảy qua nhiều xã thuộc huyện Yên Phong, Từ Sơn, Tiên Du trên địa bàn tỉnh và hàng ngày phải tiếp nhận nhiều lƣợng nƣớc thải của 5 làng nghề khác nhau. Hầu hết các Làng nghề đều không có hệ thống xử lý, tiêu thoát nƣớc thải, nƣớc thải xả trực tiếp ra kênh rạch rồi ra sông.
Hiện nay quy hoạch tài nguyên nƣớc của tỉnh đƣợc thực hiện tách riêng cho từng đơn vị hành chính, do vậy chƣa đảm bảo thực hiện theo quy định của Luật tài nguyên nƣớc về quy hoạch tài nguyên nƣớc của tỉnh, thành phố.
Nguồn nƣớc dƣới đất là nguồn cung cấp nƣớc cơ bản cho các hoạt động sản xuất và sinh hoạt của nhân dân trên địa bàn, tuy nhiên việc khai thác và sử dụng nƣớc chƣa kiểm soát đƣợc. Mặt khác các hoạt động sản xuất công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp, sản xuất nông nghiệp phát sinh nƣớc thải không đƣợc xử lý, ngấm dần xuống tầng nƣớc ngầm có nguy cơ làm ô nhiễm nƣớc dƣới đất.
Mạng lƣới quan trắc giám sát tài nguyên nƣớc trên địa bàn còn mỏng, toàn tỉnh có 20 điểm quan trắc nƣớc dƣới đất, không có trạm quan quan trắc tài nguyên nƣớc mặt. Trong khi nguồn nƣớc sạch cung cấp cho sinh hoạt của ngƣời dân chủ yếu là nguồn nƣớc dƣới đất. Do vậy, công tác quản lý nƣớc dƣới đất hiện nay của tỉnh còn gặp nhiều khó khăn.
Ngày nay với sự phát triển của khoa học kỹ thuật, với ƣu điểm là đánh giá chất lƣợng nƣớc một cách nhanh chóng thì công nghệ GIS và thuật toán nội suy sẽ giúp ta dễ dàng quản lý môi trƣờng và nguồn nƣớc một cách toàn diện.