Thắng lợi của Chiến dịch Điện Biên Phủ đã kết thúc 9 năm kháng chiến chống Pháp trường kỳ của quân và dân ta. Hiệp định Giơ-ne-vơ được kí kết, miền Bắc nước ta được hoàn toàn giải phóng và tiến lên xây dựng chủ nghĩa xã hội. Bước vào thời kỳ cách mạng mới, Đảng bộ và nhân dân các dân tộc huyện Chợ Đồn phấn khởi tiếp tục thực hiện nhiệm vụ cách mạng mới. Trong những năm 1954 – 1960, công tác giáo dục của huyện đã đạt được nhiều tiến bộ. Năm 1958, tổng số học sinh cấp I và cấp II là 2500 em, riêng cấp II là 150 em. Năm 1960, học sinh các cấp đều tăng, riêng cấp II tăng 10,3% so với năm 1958 [2;40]. Song, đến năm 1960, tại Chợ Đồn vẫn chưa có trường cấp III.
Tháng 9/1960, Đảng ta tiến hành Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ III. Đại hội đã đề ra nhiệm vụ và phương hướng của kế hoạch 5 năm lần thứ nhất (1961 – 1965) là ra sức phấn đấu thực hiện một bước công nghiệp hóa xã hội
chủ nghĩa, xây dựng bước đầu cơ sở vật chất và kỹ thuật của chủ nghĩa xã hội, đồng thời hoàn thành cải tạo XHCN ở miền Bắc.
Về giáo dục, tiếp tục phát huy thành tích trong công tác giáo dục đã đạt được, đồng thời được Ban Chấp hành Đảng bộ huyện quan tâm, trong kế hoạch 5 năm (1961 – 1965), hệ thống giáo dục phổ thông về quy mô đào tạo không ngừng được mở rộng, số lượng học sinh, đội ngũ cán bộ giáo viên ngày càng đông đảo, chất lượng giáo dục từng bước được nâng cao. Năm học 1960 – 1961, giáo dục phổ thông huyện Chợ Đồn có 58 lớp với 960 học sinh, so với năm 1959 – 1960, số lượng học sinh tăng 33 em [2;69]. Bước sang năm học 1961 – 1962, dưới tác động của cuộc vận động văn hóa giáo dục đã động viên đông đảo các con em dân tộc trong huyện cắp sách tới trường. Hệ thống phổ thông cấp I có 17 trường hoàn chỉnh với 2123 học sinh (gấp hơn 2 lần so với năm học 1960 – 1961). Hệ thống phổ thông cấp II có 3 trường với 522 học sinh (tăng 137 em so với năm 1960 – 1961) [2;71]. Trường phổ thông cấp II Phương Viên ở Pài Thẳng (xã Phương Viên) là trường lớn nhất. Được Ty giáo dục quan tâm, trường có một phòng thí nghiệm khá hoàn chỉnh cho các bộ môn khoa học tự nhiên đủ để đáp ứng yêu cầu cơ bản phục vụ học tập của học sinh. Thầy trò trường phổ thông cấp II Phương Viên còn xây dựng một vườn trường dùng làm nơi tham quan, học tập, thực hiện các thí nghiệm ngoài trời, góp phần nâng cao chất lượng giáo dục.
Trong năm học 1961 – 1962, lần đầu tiên huyện Chợ Đồn có một lớp 8 (lớp đầu cấp III của chương trình giáo dục phổ thông 10 năm) với 38 học sinh [2;71]. Lớp học được đặt ghép trong Trường phổ thông cấp II Phương Viên. Giáo viên lên lớp được lựa chọn ngay trong đội ngũ giáo viên cấp II, nhiều người quê ở dưới xuôi như Nam Định, Hà Nội, có cả người từ trong Thanh Hóa ra... Thế hệ học sinh cấp III đầu tiên này đến lớp cuối cấp (lớp 10) được học tại trường phổ thông cấp III Bắc Kạn (ở Pá Deng). Sau khi tốt nghiệp lớp 10 phổ thông (tương đương tốt nghiệp phổ thông trung học hiện nay), nhiều anh chị em
thi trúng tuyển vào các trường Đại học, Trung học chuyên nghiệp hoặc lên đường tòng quân giết giặc. Nhiều người trưởng thành, có người sau này trở thành phó tiến sĩ khoa học, cán bộ khoa học kĩ thuật, cán bộ quản lý các cấp, các ngành ở địa phương, trong và ngoài tỉnh... có nhiều đóng góp cho công cuộc xây dựng và bảo vệ quê hương, đất nước. Đến năm học 1963 – 1964, cấp III (vẫn ghép trong Trường phổ thông cấp II Phương Viên) có hai lớp 8, một lớp 9 với 81 em học sinh (trong đó có 15 học sinh nữ) [2;72]. Sang năm 1964 – 1965, nhìn chung quy mô trường lớp giáo dục phổ thông các cấp ít thay đổi. Riêng cơ sở vật chất từ lớp học, bàn ghế, bảng đen cho tới sân chơi được củng cố tốt hơn, cảnh quan môi trường giáo dục được cải thiện một bước.
Từ cuối năm 1964, đế quốc Mỹ đẩy mạnh cuộc chiến tranh xâm lược miền Nam Việt Nam, đồng thời tiến hành chiến tranh phá hoại bằng không quân và hải quân trên quy mô lớn đối với miền Bắc, nhằm phá hoại các cơ sở kinh tế, quốc phòng, văn hóa, giáo dục của nhân dân ta, ngăn chặn sự chi viện của đồng bào miền Bắc đối với cách mạng miền Nam và làm nhụt ý chí chiến đấu, tinh thần đoàn kết của nhân dân ta, ngăn cản việc xây dựng chủ nghĩa xã hội và chi viện cho đồng bào miền Nam ruột thịt.
Về văn hóa giáo dục, ngay từ khi đế quốc Mỹ gây ra cuộc chiến tranh phá hoại miền Bắc lần thứ nhất, các trường lớp ở huyện lỵ và trung tâm các xã đều phải thực hiện phòng không sơ tán. Từ việc tổ chức trường lớp đến các hoạt động giảng dạy của thầy và học tập của trò đều theo chế độ thời chiến. Mặc dù có nhiều khó khăn trong việc tổ chức trường lớp và đời sống cán bộ (ký túc xá của học sinh đối với cấp III) ở cơ sở mới, song các trường lớp vẫn đảm bảo khai giảng năm học 1965 – 1966 đúng kế hoạch.
Trường cấp III Chợ Đồn (nay là Trường trung học phổ thông Chợ Đồn) trước năm 1965 vốn ghép với Trường phổ thông cấp II Phương Viên tại Pài Thẳng, được sự quan tâm của Ty giáo dục Bắc Kạn, của Huyện ủy và sự ủng hộ của nhân dân, đến năm học 1965 – 1966, trường đã tách ra thành một đơn vị
độc lập đặt địa điểm tại Bằng Lũng. Trong năm học này, số học sinh trường cấp III Chợ Đồn có 59 em. Đội ngũ giáo viên mới có 9 người, cơ sở vật chất, phương tiện học tập còn rất thiếu thốn. Trường học được xây dựng bằng tranh tre, nứa lá và do thầy, trò nhà trường cùng bỏ công sức xây dựng. Bàn ghế trong lớp học là một tấm ván hoặc tre đặt trên bốn cọc tre. Năm học này cũng là năm học đầu tiên nhà trường tổ chức kỳ thi tốt nghiệp cho lớp cuối cấp tại địa điểm sơ tán ở Khuổi Loỏng (xã Ngọc Phái). Trong điều kiện chiến tranh, thầy và trò Trường phổ thông cấp III Chợ Đồn đã nỗ lực khắc phục khó khăn thi đua dạy tốt và học tốt. Nhà trường đã tổ chức thành công kỳ thi tốt nghiệp cho các em học sinh cuối cấp. Nhiều em tốt nghiệp đã trúng tuyển vào các trường đại học và trung học chuyên nghiệp, có em đã xung phong thực hiện nghĩa vụ quân sự, đem sức trẻ góp phần vào cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của dân tộc.
Trường sở phân tán gặp nhiều khó khăn trong việc tập trung nguồn kinh phí xây dựng cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ học tập, song được nhân dân và chính quyền địa phương giúp đỡ, các trường đã bảo đảm được những nhu cầu cơ bản của sự nghiệp giáo dục. Số học sinh qua các năm học từ 1965 đến 1968 tăng lên đáng kể. Phong trào thi đua “hai tốt” (dạy tốt và học tốt) trong ngành giáo dục Chợ Đồn trong suốt bốn năm chiến tranh (1965 – 1968) diễn ra sôi nổi. Mặc dù còn có những hạn chế, song trong điều kiện chiến tranh, Chợ Đồn vẫn giữ vững và phát triển sự nghiệp đào tạo, giáo dục, đáp ứng được yêu cầu học tập của con em các dân tộc, góp phần quan trọng vào công cuộc xây dựng hậu phương và cùng cả nước đẩy mạnh chống Mỹ cứu nước, góp phần cùng cả nước đánh thắng chiến tranh phá hoại miền Bắc của giặc Mỹ, giải phóng miền Nam thống nhất đất nước.
Bước vào hoàn cảnh mới có nhiều thuận lợi hơn, trường lớp trở lại cơ sở cũ hoặc đóng gần nơi trung tâm có điều kiện để đẩy mạnh các hoạt động giáo dục, nhất là phong trào thi đua “hai tốt”, học tập các điển hình tiên tiến nhằm nâng cao chất lượng giáo dục. Ngay từ năm học 1969 – 1970, nhiều trường di
chuyển địa điểm, xây dựng và củng cố lại trường sở, bảo đảm khai giảng đúng thời gian. Được nhân dân và chính quyền địa phương giúp đỡ, cơ sở vật chất của trường: trường lớp, phòng thí nghiệm, thư viện, sân chơi ngày càng được cải thiện, góp phần đáng kể nâng cao chất lượng giáo dục. Tỷ lệ học sinh lên lớp của trường cấp III Chợ Đồn từ năm 1970 đến năm 1975 qua mỗi năm học có tiến bộ. Năm học 1970 – 1971 là 94,5%; đến năm học 1974 – 1975 là 86% [2;165-166]. Kết quả này phần nào đã nói lên sự nỗ lực của đội ngũ giáo viên trong sự nghiệp đào tạo, giáo dục con em các dân tộc trong huyện.