- Trong trung tâm họat động của các Protease VSV ngòai gốc amino acid đặc trưng cho từng nhóm còn có một số gốc amino acid khác.Ví dụ His thường tham gia trong trung tâm họat động của các protease-xerin,Protease- tiol,Tyrosine,trong trung tâm họat động của các Protease kim lọai
- Trung tâm họat động của các Prôtease VSV đủ lớn và bao gồm một số gố amino acid và trong một số trường hợp còn có cả cofactơ kim lọai.Marihara và tập thể (1969-1970) xác định rằng trung tâm họat động của các subtilisin có kích thước giống nhau,vào khỏang 18 A0,tương ứng với 5-6 gốc amino acid. - Các Protease kim lọai có trung tâm họat động lớn hơn váo khỏang 21 ○A
Đối với các Protease acid,theo nhiều tác giả đã nghiên cứu cấu trúc trung tâm họat động của các tinh thể protease acid của Rhizopus chinenis và Endothia parasilica đã cho thấy phân tử các protease này gồm có hai hạt,giữa chúng có khe hở vào khỏang 20 ○A.Khe hở này là phần xúc tác của enzym,các gốc Asp- 35 và Asp-215 xếp đối diện nhau trong khe ấy.Dây có lẽ là kiểu cấu túc trung tâm họat động đặc trưng chung cho các Protease acid.Ngòai nhóm –COOH theo Ichishida và Yoshiđa1986),gốc Tryptophan cũng đóng vai trò quan trọng đối với Aspergilopeptidase A
- Đối với các Protease không chứa cysteine,trung tâm họat động của chúng có tính mềm dẻo hơn vì cấu trúc không gian của chúng không được giữ vững bởi các cầu disulphide.
- Mặc dù trung tâm họat động của các Protease VSV có khác nhau nhưng các ezym này đều xúc tác cho phản ứng thủy phân liên kết peptide theo cùng một cơ chế chung như sau:
E + S E - S E - S + P1 E + P2
E là enzim S là cơ chất
E-S là phức chất enzym-cơ chất
P1 là sản phẩm đầu tiên của phản ứng(với nhóm amine tự do mới được tạo thành
P2 là sản phẩm thứ hai của phản ứng(với nhóm carboxyl tự do mới được tạo thành)
- Theo một số tác giả,cơ chế tác dụng của các protease VSV cũng giống với Protease xezin động vật,đều tiến hành theo kiểu xúc tác acid-bazơ theo sơ đồ của Polgar và Bender (1969).Proteinase acid của VSV có lẽ xúc tác cho phản ứng theo cơ chế giống với pepsin.