Với 9 cặp m i microsatellite đã khám phá ra 35 allele khác nhau. Tỉ lệ phần trăm locus đa hình cho loài Dầu song nàng ở cả 3 địa điểm nghiên cứu, rừng phòng hộ Tân Phú, Khu Bảo t n Thiên nhiên Mã Đã và Vƣờn Quốc gia Lò Gò – Xa Mát là 100. Tất cả 9 locus đa hình đều đƣợc tìm thấy ở cả quần thể nghiên cứu. Tuy nhiên, số allele cho mỗi locus đa hình là khác nhau ở mỗi locus cho mỗi quần thể. Trong đó, 3 allele đƣợc tìm thấy ở 3 locus, Dipt6, Dipt4 và Dipt1 cho 3 quần thể; Dipt8 ở Lò Gò – Xa Mát, và 2 locus ở quần thể Lò Gò – Xa Mát. 4 allele đƣợc tìm thấy ở locus Shc2 cho cả 3 quần thể, 2 locus Dipt8 và Dipt3 cho 2 quần thể Mã Đà và T n Phú, và locus Dipt7 ở quần thể Lò Gò – Xa Mát. 5 allele đƣợc ghi nhận cho locus Dipt2 ở cả 3 quần thể, và Dipt7 ở 2 quần thể Mã Đà và T n Phú.
Allele hiếm (rare allele) đƣợc định nghĩa dựa trên tần số xuất hiện của chúng. Kimura (1983) [30] đã định nghĩa allele hiếm là allele có tần số xuất hiện nhỏ hơn q với q = 0,01. Đối với số lƣợng mẫu lên đến 100 thì một allele sẽ đƣợc xem là hiếm nếu nó xuất hiện không quá hai lần và số lần xuất hiện của một allele hiếm sẽ là không quá 200 lần khi lƣợng mẫu đạt tới 10.000. Nhƣng theo Pervaiz et al. (2009) [35], allen hiếm là allele xuất hiện với tần số ≤ 0,05 trong tổng số mẫu nghiên cứu. Allele hiếm (tần số allele dƣới 10%) cũng đƣợc tìm thấy ở 5 locus, bao g m Dipt2, Dipt1, Dipt3, Dipt8 và Shc7 cho cả 3 quần thể Mã Đà, Lò Gò – Xa Mát và T n Phú. Trong khi đó, allele hiếm đƣợc tìm thấy ở 2 locus, bao g m Shc2 và Dipt7 cho 2 quần thể Mã Đà và Tân Phú; và 1 locus Dipt4 cho 2 quần thể mã Đà và Lò Gò – Xa Mát. Không tìm thấy allele hiếm ở 2 locus Dipt7 và Shc2 cho quần thể Lò Gò – Xa Mát; locus Dipt4 ở Tân Phú; và locus Dipt6 ở cả 3 quần thể nghiên cứu. Tƣơng tự, 1 allele hiếm đƣợc tìm thấy ở locus Dipt7 cho quần thể Mã Đà,
Dipt1 và Dipt3 ở 2 quần thể Mã Đà và T n Phú, và Shc7 ở cả 3 quần thể nghiên cứu. 2 allele hiếm đƣợc xác định ở locus Dipt2 cho quần thể Lò Gò – Xa Mát, Shc2 ở Mã Đà, Dipt8 ở Tân Phú, và Dipt1, Dipt3 ở Lò Gò – Xa Mát. Và 3 allele hiếm chỉ tìm thấy ở locus Dipt7 thuộc quần thể Tân Phú. Không tìm thấy allele hiếm ở locus Dipt6 cho cả 3 quần thể. Ngoài ra, không tìm thấy allele hiếm ở một số locus, nhƣ Dipt7, Shc2 ở Lò Gò – Xa Mát, và Dipt4 ở Tân Phú.
Locus đa hình với tần số alen phổ biến > 70% chỉ đƣợc tìm thấy ở 3 locus Dipt8, Dipt3 và Dipt1 cho quần thể Lò Gò – Xa Mát.
Các giá trị đa dạng di truyền của loài Dầu song nàng tại 3 địa điểm nghiên cứu, rừng phòng hộ Tân Phú, Khu Bảo t n Thiên nhiên Mã Đà và Vƣờn Quốc gia Lò Gò – Xa đƣợc trình bày ở Bảng 3.3. SSR là chỉ thị đ ng trội, do đó có thể phân biệt đƣợc những mẫu.
Bảng 3.3. Đa dạng di truyền loài Dầu song nàng ở rừng nhiệt đới
Đông Nam Bộ Quần thể Locus N NA NE HO HE F Mã Đà: Dipt2 21 5 2.9 0.524 0.661 0.208 Dipt7 21 5 4.0 0.571 0.752 0.240 Dipt8 21 4 2.0 0.381 0.511 0.255 Dipt1 21 3 2.3 0.619 0.563 -0.099 Dipt4 21 3 2.1 0.476 0.526 0.095 Dipt3 21 4 2.3 0.524 0.573 0.085 Shc7 21 4 3.3 0.667 0.698 0.045 Dipt6 21 3 2.5 0.571 0.602 0.051 Trung bình 21 3.9 2.7 0,540 0,610 0,113 Lò Gò-Xa Mát: Dipt2 25 5 2.7 0.520 0.626 0.170 Dipt7 25 4 3.0 0.560 0.670 0.164 Shc2 25 4 3.3 0.520 0.695 0.252 Dipt8 25 3 1.8 0.520 0.455 -0.142 Dipt1 25 3 1.2 0.200 0.183 -0.092
Dipt4 25 3 2.3 0.560 0.558 -0.004 Dipt3 25 3 1.3 0.200 0.250 0.201 Shc7 25 3 2.1 0.440 0.518 0.150 Dipt6 25 3 2.6 0.480 0.610 0.214 Trung bình 25 3,4 2,3 0,444 0,507 0,101 Tân Phú: Dipt2 27 5 3.7 0.704 0.728 0.033 Dipt7 27 5 2.3 0.519 0.567 0.086 Shc2 27 4 2.8 0.481 0.647 0.256 Dipt8 27 4 2.7 0.519 0.630 0.177 Dipt1 27 3 2.1 0.519 0.532 0.026 Dipt4 27 3 2.4 0.407 0.591 0.310 Dipt3 27 4 2.9 0.556 0.662 0.161 Shc7 27 4 2.8 0.556 0.650 0.145 Dipt6 27 3 2.4 0.519 0.592 0.124 Trung bình 27 3,9 2,7 0,531 0,622 0,146 Tất cả 73 3,7 2,5 0,505 0,580 0,120
Chú thích: N, số mẫu thu thập; NA, số allele trung bình cho một locus; NE, số allele hữu hiệu;; HO và HE, hệ số gen dị hợp tử quan sát và lý thuyết, tƣơng ứng;F, hệ số cận noãn với xác suất *p<0,05.
Mang kiểu gen dị hợp và những mẫu mang kiểu gen đ ng hợp tại mỗi locus cho mỗi quần thể nghiên cứu.
Đối với quần thể Mã Đà, số allele cho một locus (NA) dao động từ 3 ở 3 locus Dipt1, Dipt4 và Dipt6 đến 5 ở 2 locus, Dipt2 và Dipt7, trung bình 3,9 allele. Số allele hữu hiệu (NE) dao động từ 2 ở locus Dipt8 đến 4 ở Dipt7, trung bình 2,7 allele. Hệ số gen dị hợp tử quan sát (HO) dao động từ 0,381 ở locus Dipt8 đến 0,667 ở locus Shc7, trung bình 0,54. Tƣơng tự, hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng (HE) dao động từ 0,511 ở locus Dipt8 đến 0,752 ở locus Dipt7, trung bình 0,61.
Đối với quần thể Lò Gò – Xa Mát, giá trị trung bình NA là 3,4 allele, dao động từ 3 allele ở 5 locus Dipt8, Dipt1, Dipt4, Dipt3, Dipt6 và Shc7 đến 5 allele ở 1 locus Dipt2. Giá trị N trung bình là 2,3 allele, dao động từ 1,2 ở
Dipt1đến 3,3 ở locus Shc2. Giá trị HO trung bình là 0,444, dao động từ 0,2 ở 2 locus Dipt1 và Dipt3. Giá trị HE trung bình là 0,507, dao động tử 0,183 ở locus Dipt1 đến 0,695 ở locus Shc2.
Đối với quần thể Tân Phú, giá trị NA trung bình là 3,9 allele dao động từ 3 ở 3 locus Dipt6, Dipt1 và Dipt4. NE trung bình là 2,7 allele, dao động từ 2,1 ở locus Dipt1 đến 3,7 ở locus Dipt2. Giá trị HO trung bình là 0,531, dao động từ 0,407 ở Dipt4 đến 0,704 ở Dipt2. Giá trị HE trung bình là 0,622 dao động từ 0,532 đến 0,728 ở Dipt2.
Kết quả đã chỉ ra số allele cho một locus cao xuất hiện ở 2 quần thể Mã Đà và T n Phú, còn quần thể Lò Gò – Xa Mát số allele thấp hơn, 3,4 allele cho một locus. Số allele hữu hiệu cho một locus thấp nhất ở quần thể Lò Gò – Xa Mát (2,3 allele). Giá trị này là tƣơng đƣơng (2,7 allele cho một locus) ở cả 2 quần thể Mã Đà và T n Phú. Tƣơng tự, hệ số gen dị hợp tử quan sát và hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng thấp ở quần thể Lò Gò – Xa Mát, ứng với 0,444 và 0,507; còn giá trị này là khá tƣơng đƣơng ở 2 quần thể Mã Đà và T n Phú, mặc dù giá trị này có cao hơn không đáng kể ở quần thể Mã Đà đối với hệ số gen dị hợp tử quan sát và hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng ở quần thể Tân Phú.
Kiểm định giả thiết χ2 ở mức độ loài Dầu song nàng ở 3 quần thể, Mã Đà, Lò Gò – Xa Mát và Tân Phú đã chỉ ra sự sai khác có ý nghĩa giữa hệ số gen dị hợp tử quan sát và gen dị hợp tử kỳ vọng tại locus Dipt2 và Dipt8 (p<0,01) cho 2 quần thể Mã Đà và Lò Gò – Xa Mát và Shc2, Dipt4 và Shc7 (p<0,05) cho quần thể Tân Phú. Sự khác nhau có ý nghĩa giữa 2 hệ số gen dị hợp tử này tại locus Dipt7, Dipt3 (p<0,05) ở Mã Đà; locus Dipt1, Shc2 và Dipt4 (p<0,05) ở quần thể Lò Gò – Xa Mát; và Dipt6 (p<0,01) ở cả 3 quần thể.