Tại KBTTN Pù Huống có 2 kiểu rừng chính và 5 kiểu phụ. Cụ thể nhƣ sau:
+ Rừng kín lá rộng thƣờng xanh mƣa ẩm nhiệt đới: Phân bố ở độ cao từ 200 m đến 800 m và chiếm phần lớn diện tích Khu bảo tồn. Rừng có cấu trúc nhiều tầng tán, cây lá rộng, trên 75% cây xanh quanh năm. Tổ thành thực vật chiếm ƣu thế là các họ: Re (Lauraceae), Dẻ (Fagaceae), Ba mảnh vỏ (Euforbiaceae), Đậu (Fabaceae), Cà phê (Rubiaceae), Dầu (Dipterocarpaceae);
+ Rừng kín thƣờng xanh ẩm á nhiệt đới: Phân bố từ độ cao trên 800 m. Rừng có cấu trúc nhiều tầng tán, trên 75% cây xanh quanh năm. Trong tổ thành thực vật có từ 30 - 35% cây lá kim với các loài điển hình nhƣ: Pơ mu, Sa mộc, Thông nàng...;
+ Rừng lùn: Là kiểu phụ của rừng kín thƣờng xanh ẩm á nhiệt đới và chỉ phân bố ở độ cao trên 1.200 m. Do phân bố trên các đỉnh dông, chịu sự tác động lớn của gió bão nên các loài thực vật ở đây thƣờng thấp, gốc có bành vè;
+ Rừng trên núi đá vôi: Phân bố trên dải núi đá chạy từ khe Nƣớc mọc (xã Nga My) qua xã Xiềng My rồi khe Mét (xã Bình Chuẩn);
+ Rừng phục hồi sau khai thác: Kiểu phụ thứ sinh nhân tác. Kiểu phụ này phân bố rải rác trong Khu bảo tồn và là sản phẩm của hình thức khai thác chọn. Bao gồm các trạng thái rừng: IIIA1, IIIA2;
+ Rừng phục hồi sau nƣơng rẫy: Kiểu phụ thứ sinh nhân tác. Kiểu phụ này phân bố gần các khu dân cƣ, trƣớc đây là nƣơng rẫy nhƣng đã đƣợc khoanh nuôi bảo vệ. Bao gồm các trạng thái rừng: IIA, IIB;
+ Rừng tre nứa: Kiểu phụ thứ sinh nhân tác. Trƣớc đây là kiểu phụ rừng phục hồi sau khai thác hoặc sau nƣơng rẫy nhƣng tầng cây gỗ không tái sinh, phát triển đƣợc do bị các loài tre nứa xâm lấn. Đến nay các loài tre nứa đã chiếm ƣu thế.