Bên cạnh những thành tựu đã đạt được, Công ty TNHH Long Vỹ còn gặp phải những hạn chế mà ban giám đốc cùng các quản lý ở các khâu vẫn đang cố gắng tìm ra giải pháp tốt nhất để khắc phục như:
o Thiếu lao động vào mùa Tết của người Khơ – me, do công nhân lao động thuộc dân tộc này thường về quê ăn Tết sau đó không trở lên làm việc nữa.
o Nguồn nhân lực mới tuyển ở một số cơ sở đào tạo chưa đáp ứng được nhu cầu làm việc trong công ty, cần thời gian dài để chỉ dẫn và làm quen với công việc.
o Số nhân viên giàu kinh nghiệm và tay nghề cao chiếm tỷ lệ còn thấp.
o Khả năng tổ chức của ban quản lý trong công ty còn gặp phải nhiều hạn chế.
o Công tác đánh giá năng lực của ban quản lý và các nhân viên trong công ty còn chưa hiệu quả nên vẫn xảy ra tình trạng quản lý hay nhân viên còn thiếu ý thức trách nhiệm trong quá trình làm việc, đi làm không đúng giờ, làm việc không cẩn thận hay mắc phải nhiều sai xót.
o Hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty còn gặp phải nhiều hạn chế trong giai đoạn trọng điểm của năm như: Thiếu hụt về nguyên liệu hay nguồn nhân lực, máy móc gặp trục trặc trong quy trình chạy sản phẩm. Chính điều này làm cho khả năng đáp ứng của công ty với các đơn đặt hàng của khách còn thấp.
o Các chính sách về đãi ngộ còn chưa phát huy được hết hiệu quả của nó nên vẫn còn tình trạng người công nhân còn thiếu nhiệt tình trong công việc.