Toàn bộ 268 mẫu thu được tại 10 quần thể loài Dầu nước (Dipterocarpus alatus) mọc tự nhiên thuộc sáu tỉnh Đông Nam Bộ, Nam Trung Bộ và Tây Nguyên Việt Nam (Bảng 2.1) và 10 mẫu của 10 loài cây họ Dầu khác (Bảng 2.2) dùng trong phân tích mối quan hệ di truyền đã được tách chiết DNA tổng số.
Hình 3.1. DNA tổng số đại diện của một số mẫu lá loài Dầu nước (Dipterocarpus alatus) điện di trên gel agarose 1%.
Hình 3.2. DNA tổng số của 11 loài cây họ Dầu dùng trong nghiên cứu điện di trên gel agarose 1%
Chú thích: 1, Dầu song nàng; 2, Dầu nước; 3, Dầu lông; 4, Dầu mít; 5, Dầu baud; 6, Dầu trà beng; 7, Dầu đồng; 8, Dầu cát; 9, Chò nâu; 10, So chai; 11, Táu trắng
Hình 3.3. Hình ảnh phổ điện di sản phẩm PCR mồi Dipt03 trên gel polyacrylamide 5%
Hình 3.4. Sản phẩm PCR mồi matK5 Hình 3.5. Sản phẩm PCR mồi matK3 trên gel agarose 1% trên gel agarose 1%
Hình 3.6. Kết quả giải trình tự của hãng Macrogen cho loài Dầu đồng
Kết quả điện di kiểm tra các mẫu DNA tổng số trên gel agarose 1% đều cho thấy băng DNA rõ nét (Hình 3.1; 3.2).
268 mẫu DNA tổng số của 268 cá thể loài Dầu nước thu được sau đó được tiến hành phân tích SSR với 9 cặp mồi SSR (Bảng 2.3). Sản phẩm PCR- SSR sau đó được điện di trên gel Polyacrylamide 5% để phân tích đa hình DNA của các mẫu nghiên cứu.
Kết quả điện di trên gel Polyacrylamide 5% của 9 cặp mồi SSR đều cho các băng đa hình. Hình ảnh các băng vạch xuất hiện trên bản điện di sau đó được chụp lại trên máy soi gel của hãng CLEARVER (Hình 4-9, Phụ lục). Với qui ước có sự xuất hiện vạch DNA trên bản điện di ký hiệu là 1, không xuất hiện vạch DNA trên bản điện di ký hiệu là 0. Kết quả nhị phân này được đưa vào file excel (input file) và phân tích bằng phần mềm GenAlex 6.4, FSTAT 5.0 để tính toán hệ số đa dạng di truyền trong và giữa các quần thể.