DNA metagenome được tách chiết từ hệ vi sinh vật ruột mối được điện di kiểm tra trên gel agarose theo phương pháp của Sambrook và cộng sự [69]. Nguyên tắc điện di DNA là các phân tử DNA (tích điện âm) dưới tác dụng của điện trường sẽ di chuyển
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
từ cực âm sang cực dương. Tốc độ di chuyển trên mạng lưới gel trong điện trường của DNA phụ thuộc vào kích thước, điện tích, mức độ cuộn xoắn và cấu trúc phân tử của DNA. Đoạn DNA có kích thước lớn sẽ di chuyển chậm hơn đoạn DNA có kích thước nhỏ hơn và sẽ tách biệt nhau trong quá trình chạy.
Gel agarose 0,8% được chuẩn bị như sau: hòa 0,8 g agarose vào 100 ml dung dịch đệm TAE 1 X, đun sôi dung dịch agarose cho đến khi tan hết, để nguội đến khoảng 40 – 50oC, đổ dung dịch agarose vào khay gel điện di đã cài sẵn lược để tạo các giếng nhỏ chứa mẫu. Nồng độ và độ dày của gel tuỳ thuộc mục đích sử dụng. Để gel đông và ổn định hoàn toàn trong 30 phút. Đặt khay gel vào bể điện di, đổ đệm TAE 1 X tới khi ngập bề mặt gel từ 1 đến 2 cm, gỡ lược ra.
Mẫu DNA được trộn đều với đệm tra mẫu 5 X (tỷ lệ 1:5 về thể tích) và được tra vào các giếng nhỏ trên gel, chạy điện di bằng dòng điện một chiều với hiệu điện thế 100 V, quan sát sự di chuyển của vạch màu để ngừng quá trình điện di. DNA chuẩn được chạy cùng các mẫu để xác định khối lượng phân tử. Bản gel chứa DNA sau khi chạy xong được nhuộm trong dung dịch hiện màu ethidium bromide 0,5 g/ml trong 10 phút và được soi bằng thiết bị đèn UV để quan sát kết quả chạy điện di.