Theo pháp luật hiện hành, UBND là cơ quan chấp hành của HĐND, là cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương. UBND thực hiện chức năng quản lý nhà nước ở địa phương trên các lĩnh vực. Vì thế nên đổi tên “UBND” thành Uỷ ban hành chính(UBHC) như trong Hiến pháp 1946, Hiến pháp 1959, vấn đề này cũng đã được đề cập trong dự thảo Hiến pháp 1992 nhưng cuối cùng đã không thành mà tên “UBND”vẫn được giữ nguyên cho tới nay; tuy nhiên tên “Ủy ban hành chính” sẽ phù hợp hơn; điều này cũng hợp lý bởi khi không tổ chức HĐND ở huyện, quận, phường thì UBND chỉ là cơ quan hành chình nhà nước và là đại diện của UBND cấp trên.
Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước đã đặt ra nội dung cải cách bộ máy hành chính, trong đó cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước ở địa phương là một trọng tâm nhằm đổi mới và hoàn thiện tổ chức bộ máy hành chính nhà nước ở địa phương đáp ứng những yêu cầu mới mà thực tiễn xã hội đang đòi hỏi.
Đổi mới tổ chức UBND theo hướng hạn chế cơ cấu các ủy viên là thủ trưởng các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh. Thực hiện đổi mới cơ cấu, tổ chức UBND theo hướng linh hoạt, gọn nhẹ đảm bảo hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước.
Hiện nay theo quy định của pháp luật, cơ cấu thành viên UBND tỉnh được dựa trên tiêu chí về dân số, diện tích, loại đô thị, và thành viên UBND do HĐND quyết định vì thế cơ cấu thành viên UBND còn bị ràng buộc chưa hẳn đã tạo thuận lợi cho tổ chức.
Đối với các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh, là cơ quan tham mưu, giúp UBND thực hiện chức năng quản lý nhà nước ở địa phương. Cần thực hiện rà soát đánh giá về cơ cấu, tổ chức hệ thống các cơ quan chuyên môn
qua đó phát hiện những điểm chưa hợp lý nhằm giúp cho việc xây dựng phương hướng hoàn thiện tổ chức của các cơ quan này. Thực hiện sắp xếp, tổ chức lại theo hướng phân công rành mạch, bộ máy gọn nhẹ, tăng cường tính chuyên nghiệp, giải quyết nhanh công việc của các cá nhân, tổ chức, thực hiện tổ chức quản lý đa ngành, đa lĩnh vực, không nhất thiết ở trung ương có bộ nào thì ở tỉnh có tổ chức tương ứng bởi thực tế hiện nay ở trung ương có bao nhiêu bộ thì ở tỉnh cũng có bấy nhiêu sở tương ứng. Để hoàn thiện hoạt động quản lý của các cơ quan hành chính nhà nước thì cơ cấu tổ chức các đầu mối không thể cứng nhắc nhất là trong điều kiện hoạt động quản lý đang có nhiều thay đổi như hiện nay. Nên chăng hãy trao cho chính quyền địa phương để mỗi địa phương xác định một cơ cấu, tổ chức hợp lý phù hợp với điều kiện cụ thể của mình.
Xác định rõ chức năng, nhiệm vụ các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh, thực hiện đúng chức năng quản lý nhà nước theo nhiệm vụ và thẩm quyền; tách bạch việc thực hiện các dịch vụ, hoạt động kinh doanh với hoạt động quản lý nhà nước.
Để các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh ổn định trên cơ sở đó để hoàn thiện về tổ chức, hoạt động thì cấn thiết ổn định cơ cấu, tổ chức của Chính phủ có thể thấy nhiệm kỳ 2002-2007 cơ cấu, tổ chức của Chính phủ có sở Công nghiệp, sở Văn hóa- thông tin, Uỷ ban- dân số-Gia đình- Trẻ em,….Sau đó có sự thay đổi dẫn đến các bộ, cơ quan ngang bộ này bị tách ra hoặc sáp nhập vào một số bộ khác dẫn tới những thay đổi tương ướng trong tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh. Vì thế cần xác định rõ chức năng nhiệm vụ và sự chồng chéo của từng cơ quan trước khi quyết định thay đổi cơ cấu, tổ chức vì hoàn thiện lại trên một cơ cấu, tổ chức thay đổi chắc sẽ mất nhiều thời gian hơn là hoàn thiện trên nền tảng cơ cấu tổ chức ổn định về mặt số lượng.
Bên cạnh đó trong những năm qua việc chia, tách, sáp nhập tỉnh có thể nói là được tiến hành một cách “thường xuyên” và cũng chưa thật hợp lý điều này đã gây ảnh hưởng không nhỏ đến việc xây dựng và hoàn thiện tổ chức bộ máy hành chính nhà nước. Năm 1996, cả nước có 53 đơn vị hành chính cấp tỉnh, năm
2006 có 64 đơn vị (tăng 11 đơn vị), còn hiện nay là 63 đơn vị hành chính. Việc chia, tách tỉnh là do yêu cầu quản lý, yêu cầu phát triển kinh tế-xã hội,…không thể phủ nhận cái được của việc hợp nhất, chia tách các tỉnh ở các thời kỳ lịch sử khác nhau góp phần thực hiện các nhiệm vụ chính trị, kinh tế. Tuy nhiên việc làm này cũng có hạn chế, nó vừa dẫn đến sự không ổn định của bộ máy hành chính nhà nước nhất là những thay đổi trong cơ cấu, tổ chức của UBND tỉnh vừa ảnh hưởng tới hoạt động bởi cần một thời gian sau đó để thích ứng, đã làm giảm hiệu lực, hiệu quả làm việc của UBND. Nhiều địa phương không đủ nguồn lực để thực hiện các chức năng, nhiệm vụ lớn và phức tạp do trung ương phân cấp. Trong khi đó thực trạng đội ngũ cán bộ, công chức làm việc trong các cơ quan hành chính vừa yếu, vừa thiếu chẳng những không giảm mà ngày càng tăng lên cùng với đó là sự lãng phí của cải vật chất của nhà nước như việc chia, tách, thành lập đơn vị hành chính mới sẽ phải đổi tên cơ quan, phải hủy hàng loạt con dấu cũ, thêm con dấu mới,…gây không ít khó khăn, phiền hà cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân và nhân dân. Bởi vậy trong nội dung của trương trình cải cách hành chính nhà nước đã nhấn mạnh cần quy định các tiêu chí cụ thể đối với từng loại đơn vị hành chính ở nước ta để đi đến ổn định, chấm dứt tình trạng chia, tách nhiều như thời gian qua. Trên cơ sở đó cần ban hành văn bản pháp luật làm cơ sở cho việc thực hiện.
Trong khi đó tổ chức bộ máy hành chính giữa đô thị và nông thôn không có sự khác nhau là bao, vì thế cần có sự phân biệt tổ chức cũng như chức năng, nhiệm vụ giữa các cơ quan hành chính nhà nước ở đô thị và nông thôn trên cơ sở xem xét các yếu tố vị trí, điều kiện kinh tế-xã hội,…