Nhìn chung công tác kế toán các khoản phải thanh toán với người lao động tại công ty thương mại và phát triển công nghệ Bách khoa 4 cũng đạt được những thành tích nhất định tuy nhiên bên cạnh đó cũng còn nhiều vấn đề cần phải nhanh chóng giải quyết.
Tại công ty thương mại và phát triển công nghệ Bách khoa 4 chủ yếu sử dụng kế toán thủ công khiến cho công tác hạch toán và ghi chép sẽ mất nhiều thời gian, các nghiệp vụ phát sinh bị trùng lặp nhiều. Việc tra cứu cũng sẽ mất thời gian hơn. Trên thực tế kế toán thủ công không thể nào tránh được những sai sót nhất định, việc điều chỉnh khi những sai sót xảy ra khó khăn hơn.
Về cơ cấu tổ chức bộ máy kế toán mặc dù đã được phân chia một cách rõ ràng, có một nhân viên chuyên chịu trách nhiệm về phần hành kế toán tiền lương và các khoản trích theo lương. Tuy nhiên trên thực tế các nhân viên kế
toán thường làm chồng chéo nhiệm vụ của nhau, chính việc này sẽ tạo ra những sai sót trong quá trình hạch toán ghi sổ.
Các loại phụ cấp thường xuyên cho người lao động: tiền điện thoại, ăn ca, đi lại công ty không tiến hành chi trả riêng mà gộp tất cả vào trong tiền lương của người lao động và hạch toán vào TK 642 – chi phí quản lý doanh nghiệp. Mặc dù không trái với nguyên tắc tuy nhiên việc hạch toán như vậy sẽ làm tăng thêm phần thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân. Mặt khác trong bộ phận theo cơ cấu tổ chức của công ty, phòng kế hoạch sẽ kiêm nhiệm vụ là phòng kinh doanh và chịu trách nhiệm triển khai bán sản phẩm. Tuy nhiên các chi phí phát sinh từ phòng kế hoạch lại đều được hạch toán vào tài khoản 642 – chi phí quản lý doanh nghiệp. Việc ghi chép như vậy về mặt nguyên tắc sẽ thiếu hẳn một nghiệp vụ phát sinh mặc dù vẫn đảm bảo về mặt số liệu.
Việc chi trả các loại bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế hay các loại trợ cấp cho người lao động còn nhiều rắc rối. Thủ tục còn rườm rà mất nhiều thời gian và cần nhiều loại giấy tờ xác minh của người lao động. Việc này đôi khi sẽ tạo tâm lý không tốt với người lao động.
Quy chế về quỹ thi đua khen thưởng và lương nghỉ phép cho công nhân viên vẫn chưa được rõ ràng. Do đặc thù kinh doanh của công ty, trong một số ngày nghỉ lễ các CBCNV vẫn phải duy trì hoạt động phân xưởng tuy nhiên lương trong những ngày này chỉ tính như ngày bình thường. Áp dụng các chế độ thưởng phạt tính vào lương nhân viên chỉ thông qua các ý kiến chủ quan, mà không có bất cứ loại giấy tờ nào phản ánh điều đó.
Các quỹ bảo hiểm thất nghiệp, thuế thu nhập cá nhân chưa được kế toán chú trọng hơn nữa quan điểm của bản thân những người lao động về những khoản mục này cũng không được coi trọng dẫn đến tình trạng khi xảy ra sự việc các kế toán và bản thân người lao động cũng không biết xử lý thích hợp.
Những vấn đề còn tồn tại trong công tác kế toán các khoản thanh toán với người lao động chủ yếu là do một số nguyên nhân sau:
Cơ cấu tổ chức của công ty chưa thực sự hợp lý, phòng kế hoạch kiêm nhiệm vụ của phòng kinh doanh dẫn đến tình trạng chi phí kinh doanh được hạch toán vào phần chi phí quản lý doanh nghiệp bởi theo nguyên tắc phòng kế hoạch là một bộ phận hành chính. Mặt khác bộ máy kế toán mặc dù đã được phân cấp rõ ràng những trên thực tế khi làm việc các nhân viên hoàn toàn có thể thực hiện các phần hành kế toán khác. Phòng kế toán với 6 nhân viên bao gồm cả kế toán trưởng có thể thực hiện được hầu hết các phần hành mà không cần sử dung đến kế toán máy.
Hơn nữa do đặc thù công tác kế toán, các nhân viên kế toán trong công ty ít được đi đào tạo do đó họ thường thực hiện công việc theo những quy tắc riêng của họ. Chính điều này đã gây ra một số sai sót trong việc hạch toán.
Phòng kế toán không làm việc trực tiếp với các cán bộ công nhân viên nên khi cần tiến hành xác minh, chi trả các trường hợp bảo hiểm, trợ cấp phải thông qua phòng nhân sự làm báo cáo từ đó mới tiến hành chi trả.