Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác xây dựng, hoàn thiện thể chế, chính sách pháp luật về PCTN cũng còn những tồn tại, hạn chế nhất định. Cụ thể như sau:
Một là, tiến độ xây dựng một số văn bản quy phạm pháp luật còn chậm, trong đó có những văn bản quan trọng như Văn bản quy phạm pháp luật về kiểm soát thu nhập của người có chức vụ, quyền hạn trình Quốc hội để ban hành theo yêu cầu của Luật PCTN nhưng đã nhiều năm vẫn chưa xây dựng được; Quy định tất cả đảng viên là cán bộ, công chức đều phải kê khai tài sản; cơ chế chủ động từ chức vì lý do trách nhiệm; Quy định nghĩa vụ của công chức phải khước từ các ưu ái dành cho bản thân và gia đình hay như quy định về việc lập, quản lý quỹ khen thưởng trong PCTN.
Hai là, nhiều văn bản quy phạm pháp luật khi triển khai thực hiện đã bộc lộ tính hình thức hoặc không khả thi nhưng chậm được rà soát, sửa đổi, bổ sung cho phù hợp như xử lý trách nhiệm người đứng đầu khi để xảy ra tham nhũng, chuyển đổi vị trí công tác, quy định về việc tặng quà, nhận quà, nộp lại quà tặng.
Ba là, một số chính sách trong PCTN đã được đề ra nhưng khâu hướng dẫn thi hành còn chậm hoặc thiếu cụ thể, dẫn đến khó khăn, chậm trễ khi triển khai thực hiện như quy định về việc khen thưởng người tố cáo hành vi tham nhũng, thanh tra trách nhiệm thực hiện Luật PCTN, việc nhận định tình hình tham nhũng, đánh giá công tác PCTN.
Bốn là, có những chính sách PCTN đã được triển khai thực hiện nhưng thiếu sự quan tâm theo dõi, đánh giá nên không nắm được tình hình thực hiện cũng như tác động của chính sách đó như quy định về thời hạn không được kinh doanh trong lĩnh vực có trách nhiệm quản lý đối với những người là CBCC sau khi thôi giữ chức vụ, việc xây dựng, thực hiện quy tắc đạo đức nghề nghiệp trong các tổ chức xã hội – nghề nghiệp.
Năm là, công tác nghiên cứ đề xuất các chính sách pháp luật về phòng chống tham nhũng, những biện pháp mới còn chậm và thiếu tích cực, nhất là một số nội dung nhằm nội luật hóa Công ước Liên hợp quốc về PCTN như
PCTN khu vực tư, hình sự hóa hành vi làm giàu bất hợp pháp, áp dụng biện pháp kỹ thuật điều tra đặc biệt trong điều tra tội phạm tham nhũng.