Một là, một số cơ quan, đơn vị và người đứng đầu chưa quyết liệt trong chỉ đạo, tổ chức thực hiện thực hiện pháp luật về PCTN. Việc tổ chức thực hiện các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật Nhà nước ở một số nơi chưa tốt, kỷ cương, kỷ luật không nghiêm, còn có biểu hiện nói không đi đôi với làm, hoặc làm chiếu lệ.
Hai là, nhận thức về vai trò, trách nhiệm tổ chức thực hiện pháp luật về PCTN ở các cấp, các ngành chưa đồng đều, một số nơi còn có biểu hiện coi nhẹ, chậm chỉ đạo, triển khai thực hiện, không thường xuyên theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện.
Ba là, nhiều quy định về phòng ngừa tham nhũng đã sớm bộc lộ hạn chế như việc kê khai tài sản, thu nhập còn hình thức; xử lý trách nhiệm người đứng đầu còn vướng mắc, chưa nghiêm; chuyển đổi vị trí công tác thiếu tính khả thi; trách nhiệm giải trình của người có chức vụ, quyền hạn chưa rõ ràng; công khai minh bạch còn hình thức, đối phó, nhưng chậm được rà soát để sửa đổi, bổ sung cho phù hợp.
Bốn là, hệ thống các quy định của pháp luật còn thiếu và chưa đồng bộ, nhất là các quy định hướng dẫn, cụ thế hóa của các cơ quan quản lý nhà nước trên các ngành, lĩnh vực, dẫn đến cách hiểu, vận dụng khác nhau trong phát hiện, xử lý hành vi tham nhũng.
Năm là, vai trò của TTCP trong phát hiện, xử lý tham nhũng và trong điều phối các hoạt động phát hiện, xử lý tham nhũng với tư cách là cơ quan quản lý nhà nước về PCTN trong phạm vi cả nước chưa được phát huy ngang tầm với nhiệm vụ, thực chất mới tập trung vào thực hiện chức năng phát hiện, xử lý của cơ quan thanh tra mà chưa phát huy tốt vai trò tổ chức, điều hành chung các hoạt động phát hiện, xử lý tham nhũng trong cả nước.
Sáu là, trách nhiệm, quyết tâm của một số cấp ủy, chính quyền, người đứng đầu và năng lực, kinh nghiệm của một số cán bộ chuyên ngành còn hạn chế, cá biệt một số còn yếu kém về trình độ, phẩm chất đạo đức, trong khi đó, đối tượng tham nhũng là người có chức vụ, quyền hạn, am hiểu pháp luật, thường có sự liên quan đến công tác quản lý nhà nước; nhiều đối tượng có nhiều thành tích, cống hiến, có mối quan hệ rộng, nên khó khăn trong xử lý.