5. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.2.3. Các hợp chất khác
Bảng 3.6 kể tên một số các hợp chất khác đƣợc phân lập từ cây Lá đắng
Bảng 3.6. Các hợp chất khác trong cây Lá đắng
STT
Tên gọi Kí hiệu KLPT (amu)
1 3, 5-bis 1,1 Dimethylethyl C-1 308,4
2 9, 12-Octadecadienoic acid C-2 280,4
4 Hexadecanoic C-4 255,4
5 Tetradecanoic acid C-5 228,4
Mô phỏng docking phân tử các hợp chất khác của cây Lá đắng với thụ thể EGFR-TK thu đƣợc kết quả về các loại năng lƣợng nhƣ trình bày trong Bảng 3.7
Bảng 3.7. Kết quả docking phân tử của các hợp chất khác với EGFR- TK (mã: 1M17) Hợp chất Năng lƣợng liên kết (kcal/mol) Năng lƣợng tƣơng tác (kcal/mol) Năng lƣợng quay tự do (kcal/mol) C-1 -6,10 -7,00 0,89 C-2 -5,79 -10,26 4,47 C-3 -10,23 -11,73 1,49 C-4 -5,33 -9,81 4,47 C-5 -5,79 -10,26 4,47
Ta thấy phần lớn năng lƣợng tƣơng tác liên phân tử trong các phức của các hợp chất khác với EGFR-TK khá âm nhƣng do năng lƣợng quay tự do lớn nên năng lƣợng liên kết của hệ ít âm, do đó phức tạo thành kèm bền. Đáng chú ý C-3 có năng lƣợng liên kết âm nhất, âm hơn cả Lapatinib. Tƣơng tác của các hợp chất khác với EGFR-TK đƣợc minh họa trong Hình 3.6
a) Tƣơng tác trong EGFR-TK/C-1 b) Tƣơng tác trong EGFR-TK/C-2
c) Tƣơng tác trong EGFR-TK/C-3 d) Tƣơng tác trong EGFR-TK/C-4
e) Tƣơng tác trong EGFR-TK/C-5
Tƣơng tác chủ yếu trong nhóm này (trừ C-3) với EGFR-TK là tƣơng tác kị nƣớc hình thành với các amino acid nằm trong túi chứa ATP nhƣ: Leu694, Val702, Ala719, Lys721 và Leu820. Số lƣợng tƣơng tác kị nƣớc nhiều làm cho năng lƣợng tƣơng tác lớn. Các hợp chất trong nhóm này không hình thành liên kết hydrogen với amino acid thuộc vùng bản lề và dải DFG. Thêm vào đó, năng lƣợng quay tự do lớn, phân tử khối nhỏ làm cho phức hình thành không ổn định, khó cạnh tranh lại với ATP. Nên những hợp chất này không có khả năng cạnh tranh lại ATP trong túi kị nƣớc của EGFR-TK.
Chỉ trừ trƣờng hợp C-3, C-3 tạo tƣơng tác ankyl với các amino acid nhƣ: Leu694, Val702, Ala719, Lys721, Met742, Met769 và Leu820 . Điều này cho thấy C-3 đã đi sâu vào vùng hoạt động của EGFR-TK góp phần làm âm thêm năng lƣợng tƣơng tác giữa C-3 với thụ thể EGFR-TK (-11,76 kcal/mol). Mặc dù không hình thành liên kết hydrogen, nhƣng với phân tử khối tƣơng tự ATP và nhiều tƣơng tác đƣợc hình thành với túi chứa ATP, C-3 là chất có khả năng ức chế tốt EGFR-TK. Một nghiên cứu cũng chỉ ra, C-3 có khả năng liên kết tốt với thụ thể ERα và ERβ – là hai thụ thể gây nên ung thƣ vú [47].