Virus cúm đã được phân lập ở hầu hết các loài chim hoang dã như vịt trời, thiên nga, hải âu, vẹt, mòng biển, diều hâu, chim họ sẻ... Tuy nhiên, tần suất và số lượng virus phân lập được ở loài thủy cầm đều cao hơn các loài khác. Điều tra thủy cầm di trú ở Bắc Mỹ cho thấy trên 60% chim non bị nhiễm virus do tập hợp đàn trước khi di trú.
Trong các loài thủy cầm thì vịt trời có tỷ lệ nhiễm virus cao hơn cả. Những virus này không gây bệnh cho vật chủ, mà được nhân lên trong đường ruột và bài thải ra ngoài, trở thành nguồn gieo rắc virus cho các loài khác, đặc biệt là gia cầm [4].
Cuối tháng 10/2004, OIE, FAO và WHO đã lưu ý các nước đã trải qua dịch cúm gia cầm H5N1 rằng vịt nuôi có thể đóng vai trò quan trọng trong việc làm lây lan chủng virus cúm gia cầm H5N1 thể độc lực cao cho các gia cầm khỏe và rất có thể lây truyền virus trực tiếp cho con người vì vịt nuôi và gà nhiễm bệnh cùng bài thải lượng virus như nhau, nhưng vịt nuôi thường không thể hiện các triệu chứng lâm sàng. FAO và OIE đã phối hợp đánh giá vai trò của vịt nuôi nhằm đưa ra chiến lược lâu dài với mục đích khống chế các ổ dịch cúm gia cầm ở châu Á [12].
Virus cúm A/H5N1 lưu hành ở một số nước khu vực châu Á có độc lực với gà, chuột đã tăng lên và mở rộng phổ gây bệnh của nó trên cả loài mèo. Một số động vật có vú như cầy vằn, chồn hay chó cũng nhiễm bệnh và bài thải virus [12].