Phân tích các đặc điểm hiển vi của mẫu vật thuận lợi nhất là dùng mẫu tươi vừa mới thu hái được. Trước hết cắt lấy một quả thể gồm mô nhũ nấm và bào tầng (phiến nấm hay ống nấm). Từ phần quả thể này, phân tích được mối quan hệ giữa mô bất thụ của mũ nấm và mô bất thụ của bào tầng ngoài ra còn phân tích được màu sắc, mùi vị và độ dày thịt nấm. Cũng từ phần quả thể này chúng tôi dùng kim
nhọn tách một phần nhỏ đặt trên lam kính để phân tích cấu trúc của hệ sợi. Dùng dao nhọn cắt vuông gốc với phiến nấm hay ống nấm (cắt song song với chiều thẳng đứng của quả thể) để quan sát và phân tích các hình thái và cấu trúc của các yếu tố trên bào tầng như đảm, đảm bào tử, liệt bào, gai nhọn… trên kính hiển vi với độ phóng đại từ 400 tới 1000 lần. Những mẫu tươi thường được quan sát với nước cất, ở đó ta thu được màu sắc tự nhiên của nấm. Với các mẫu khô thì phải tiến hành quan sát trong dung dịch NaOH 3% để cho các tế bào trương phồng lên trở lại trạng thái ban đầu. Ngoài ra một số mẫu khó quan sát chúng tôi có thể nhuộm bằng dung dịch đỏ Congo, xanh Colton… rồi sau đó dùng giấy lọc thấm khô dung dịch thừa, cho nước cất vào rửa sạch rồi quan sát.
Mặt khác, để quan sát những cấu trúc siêu hiển vi như những trang trí trên bề mặt vỏ bào tử chúng tôi phải tiến hành các phản ứng nhuộm màu bằng Anilin trong Acid lactic, hay dung dịch Melzer để xác định sự tồn tại của tinh bột và làm đậm hơn các cấu trúc hiển vi.
Trình tự của quá trình phân tích cấu trúc hiển vi như sau:
Hệ sợi mũ nấm
- Phân nhánh hay không phân nhánh, có vách ngăn ngang hay không, có khoá hay không có khoá.
- Kích thước đường kính sợi.
- Cấu trúc sợi: Thành sợi dày, mỏng, bắt màu hay không bắt màu.
Bào tử - Hình dạng - Kích thước - Màu sắc - Cấu tạo vỏ - Nội chất Đảm - Hình dạng - Kích thước
- Màu sắc
- Số lượng và cấu trúc cuống bào tử - Cấu tạo thành đảm
Liệt bào và các cấu trúc khác (nếu có)
- Hình dạng - Kích thước - Màu sắc