Việc quản lý Quỹ quay vòng phải tuân thủ các quy trình và thủ tục của nhà tài trợ (WB) và Chính phủ Việt Nam, cụ thể:
Chính sách và quy định của WB được nêu tại Hiệp định tín dụng phát triển của Dự án được kí kết giữa nhà tài trợ và Chính phủ Việt Nam đại diện là Bộ Tài chính. Các chính sách và quy định này được mô tả chi tiết tại hai cuốn sổ tay là Sổ tay chính sách và Sổ tay hoạt động của Dự án.
Chính sách và quy định của Chính phủ Việt Nam được nêu tại Nghị định 131/2007/NĐ-CP; Thông tư 108/2007/TT-BTC; Nghị định 134/2005/NĐ- CP, Thông tư 03 và 04/2007/TT-BKH và một số văn bản khác liên quan.
Bên cạnh đó, quản lý Quỹ quay vòng phải đảm bảo sự phối hợp theo đúng chức năng nhiệm vụ giữa các đơn vị tham gia quá trình quản lý và sử dụng Quỹ quay vòng.
Sơ đồ 1.3: Phối hợp giữa các đơn vị tham gia quá trình quản lý và sử dụng Quỹ quay vòng
Trong quá trình triển khai Quỹ quay vòng, các đơn vị tham gia phải thực hiện đúng vai trò, chức trách của mình đồng thời phối hợp chặt chẽ với các đơn vị liên quan để giải quyết các vấn đề phát sinh cũng như triển khai hoạt động của Quỹ một cách hiệu quả.
Bộ Tài chính có vai trò quản lý nhà nước về tài chính đối với Dự án Tài chính nông thôn, do đó thực hiện ban hành các văn bản hướng dẫn về quản lý tài chính trong thực hiện các hoạt động của Quỹ; Tham gia đoàn giám sát với WB và các đoàn công tác giữa kỳ về các vấn đề liên quan đến quản lý tài chính khi có yêu cầu; Chịu trách nhiệm cuối cùng về công tác quản lý tài chính của Quỹ. Trong giai đoạn quay vòng vốn, Bộ tập trung chủ yếu về các vấn đề giải quyết phát sinh liên quan đến quy chế tài chính, tham gia giám sát, quản lý về tài chính đối với Quỹ, đồng thời thực hiện thu hồi nợ gốc từ quỹ quay vòng.
Ngân hàng Nhà nước là cơ quan Chủ quản Dự án (đơn vị quyết định phê duyệt Dự án) thực hiện Hiệp định Tín dụng với WB thay mặt Chính phủ Việt Nam; Phê duyệt kế hoạch tài chính tổng thể và hàng năm của Dự án; Tính toán và thông báo lãi suất bán buôn; Giám sát việc triển khai toàn bộ Dự án về tiến độ, nội dung triển khai và tuân thủ quy định của WB.
Ngân hàng Thế giới: là nhà tài trợ của Dự án Tài chính nông thôn, tiến hành giám sát việc triển khai dự án nói chung và hoạt động của Quỹ quay vòng nói riêng thông qua việc xem xét, tiếp nhận các báo cáo định kỳ, yêu cầu các báo cáo đột xuất khi cần thiết, cử các đoàn công tác thực địa, cho ý kiến về tất cả các vấn đề phát sinh liên quan đến việc thực hiện dự án, xem xét điều chỉnh và phê duyệt mục đích sử dụng vốn, phân bổ lại số vốn đến các đối tượng vay trong quá trình thực hiện nếu hợp lý.
BIDV: Là cơ quan đại diện cho Chính phủ thực hiện chức năng là chủ Dự án, quản lý và điều hành Dự án, thực hiện vai trò giám sát toàn bộ Dự án;
chịu trách nhiệm thực hiện Dự án và chịu hoàn toàn rủi ro tín dụng trong việc cho PFI vay. Tất cả các hoạt động của Quỹ đều do BIDV quản lý điều hành, đồng thời, BIDV chịu rủi ro tín dụng cho vay từ Quỹ.
BIDV thành lập Ban quản lý dự án là Sở Giao dịch III (đơn vị trực thuộc BIDV) để tiến hành các công việc thực hiện Dự án và thực hiện chỉ đạo, kiểm tra, giám sát quá trình thực hiện Dự án theo đúng các quy định của WB; Phê duyệt hạn mức và ký các Hợp đồng vay phụ với PFIs; Áp dụng các biện pháp trong thẩm quyền nhằm đảm bảo thu hồi nợ gốc và lãi trả Bộ Tài chính
Sở Giao dịch III-Ban quản lý Dự án: Chịu trách nhiệm trực tiếp với BIDV, BTC và WB về vấn đề quản lý tài chính của Quỹ; Duy trì hệ thống kế toán của toàn Dự án và đảm bảo lưu giữ sổ sách kế toán theo quy định của Chính phủ Việt Nam và WB; Thiết lập và duy trì cơ chế kiểm soát và kiểm toán trong suốt thời gian thực hiện Dự án, trong đó có kiểm toán hoạt động Quỹ; Xem xét, kiểm tra các báo cáo tài chính do PFI lập, theo dõi, đánh giá tình hình tài chính của các cơ quan này, tiến hành kiểm tra việc tuân thủ các quy định về tiếp nhận và sử dụng vốn vay tại PFIs
Các đơn vị tham gia Dự án: Các định chế tài chính tham gia, các DNVVN, QTDND sẽ chịu trách nhiệm cho vay lại tới người vay cuối cùng và chịu hoàn toàn rủi ro tín dụng đối với các khoản vay từ BIDV. Cụ thể: Chịu trách nhiệm quản lý và thực hiện triển khai các khoản vay tới người vay cuối cùng đảm bảo an toàn và đạt hiệu quả , tìm kiếm các khoản vay phù hợp để quay vòng vốn dự án tại PFI; Tập hợp các thông tin, lập và gửi báo cáo theo quy định Dự án; Làm việc với WB, BIDV và các đoàn công tác giám sát, thường xuyên trao đổi với SGD3 về các vướng mắc, khó khăn trong quá trình thực hiện Dự án và đưa ra những khuyến nghị hợp lý; Duy trì hệ thống kế toán để theo dõi, hạch toán riêng đối với việc nhận, sử dụng từng nguồn vốn của Dự án (mỗi nguồn vốn theo từng quỹ tài trợ của WB phải được tách bạch rõ ràng).