Trong quá trình hội nhập, các nước đang phát triển phải đối mặt với nguy cơ chuyển dịch cơ cấu kinh tế tự nhiên bất lợi, do thiên hướng tập trung vào các ngành sử dụng nhiều tài nguyên, nhiều sức lao động, nhưng có giá trị gia tăng thấp. Do vậy, họ dễ có thể trở thành bãi rác thải công nghiệp và công nghệ thấp, bị cạn kiệt nguồn tài nguyên thiên nhiên và hủy hoại môi trường.
Khi nói về vấn đề chuyển giao kỹ thuật mà điển hình là thông qua kênh đầu tư trực tiếp nước ngoài, một nguy cơ là nước tiếp nhận đầu tư sẽ nhận nhiều kỹ thuật không thích hợp. Các công ty nước ngoài thường chuyển giao những công nghệ kỹ thuật lạc hậu và máy móc thiết bị cũ. Điều này cũng có thể giải thich là: Một là, dưới sự tác động của cuộc cách mạng khoa học kỹ thuật cho nên máy móc công nghệ nhanh chóng trở thành lạc hậu. Vì vậy họ thường chuyển giao những máy móc đã lạc hậu cho các nước nhận đầu tư để đổi mới công nghệ, đổi mới sản phẩm, nâng cao chất lượng của sản phẩm của chính nước họ. Hai là, vào giai đoạn đầu của sự phát triển, hầu hết các nước đều sử dụng công nghệ, sử dụng lao động. Tuy nhiên sau một thời gian phát triển giá của lao động sẽ tăng, kết quả là giá thành sản phẩm cao. Vì vậy họ muốn thay đổi công nghệ bằng những công nghệ có hàm lượng cao để hạ giá thành sản phẩm. Do vậy việc chuyển giao công nghệ lạc hậu đã gây thiệt hại cho các nước nhận đầu tư như là:
1 Rất khó tính được giá trị thực của những máy móc chuyển giao đó.
Do đó nước đầu tư thường bị thiệt hại trong việc tính tỷ lệ góp trong các doanh nghiệp liên doanh và hậu quả là bị thiệt hại trong việc chia lợi nhuận.
2 Gây tổn hại môi trường sinh thái. Do các công ty nước ngoài bị cưỡng
chế phải bảo vệ môi trường theo các quy định rất chặt chẽ ở các nước công nghiệp phát triển, thông qua đầu tư trực tiếp nước ngoài họ muốn xuất khẩu môi trường
sang các nước mà biện pháp cưỡng chế, luật bảo vệ môi trường không hữu hiệu.
3 Chất lượng sản phẩm, chi phí sản xuất cao và do đó sản phẩm của các
nước nhận đầu tư khó có thể cạnh tranh trên thị trường thế giới.
4 Thực tiễn cho thấy, tình hình chuyển giao công nghệ của các nước
công nghiệp sang các nước đang phát triển đang còn là vấn đề gay cấn.Ví dụ theo báo cáo của ngân hàng phát triển Hoa Kỳ thì 70% thiết bị của các nước Hoa Kỳ La Tinh nhập khẩu từ các nước tư bản phát triển là công nghệ lạc hậu. Cũng tương tự, các trường hợp chuyển giao công nghệ ASEAN lúc đầu chưa có kinh nghiệm kiểm tra nên đã bị nhiều thiệt thòi.
5 Tuy nhiên, mặt trái này cũng một phần phụ thuộc vào chính sách công
nghệ của các nước nhận đầu tư. Chẳng hạn như Mexico có 1800 nhà máy lắp ráp sản xuất của các công ty xuyên gia của Hoa Kỳ. Mội số nhà máy này được chuyển sang Mexico để tránh những quy định chặt chẽ về môi thường ở Hoa Kỳ và lợi dụng những khe hở của luật môi trường ở Mexico.