Điều III GATT 1994 của WTO quy định dành cho hàng nhập khẩu từ lãnh thổ của một bên sự đãi ngộ không kém thuận lợi hơn so với hàng hoá tơng tự trong nớc liên quan đến các khoản thuế, khoản thu nội địa hay bất kỳ các quy định pháp luật nào khác. Quy định này cũng đợc ghi nhận trong Hiệp định thơng mại Việt - Mỹ tại Điều I Khoản 2,3,4 Chơng I và có lộ trình thực hiện.
Trong khi đó, vấn đề NT của Việt Nam đợc điều chỉnh trong các văn bản nh: Pháp lệnh MFN và NT; Luật Thơng mại; Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt; Luật Thuế giá trị gia tăng; Nghị định 84/1998/NĐ-CP ngày 12/10/1998 Quy định chi tiết thi hành Luật thuế tiêu thụ đặc biệt.
Trong đó:
- Điều 4 Khoản 1 Pháp lệnh MFN và NT quy định Đối xử quốc gia trong th- ơng mại hàng hoá là đối xử không kém thuận lợi hơn đối xử mà Việt Nam dành cho hàng hoá nhập khẩu so với hàng hoá tơng tự trong nớc.
- Điều 15 Pháp lệnh MFN và NT quy định đối xử quốc gia áp dụng đối với hàng hoá nhập khẩu vào Việt Nam và hàng hoá xuất khẩu từ Việt Nam.
Về mặt hình thức, Pháp lệnh MFN và NT đã tạo ra cơ sở pháp lý cho việc thực hiện nguyên tắc này. Tuy nhiên, trong các văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh từng lĩnh vực cụ thể vẫn duy trì sự không bình đẳng giữa hàng nhập khẩu và hàng trong nớc, cụ thể:
- Điều 8 Khoản 2 Mục (l) Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi số 07/2003/QH11 ngày 17/6/2003 quy định thuế suất 5% đối với bông sơ chế từ bông trồng trong nớc và 10% đối với bông từ nguyên liệu nhập khẩu.
- Điều 7 Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt sửa đổi số 08/2003/QH11 ngày 17/6/2003 quy định thuế suất đối với thuốc lá điếu có đầu lọc sản xuất chủ yếu bằng nguyên liệu nhập khẩu là 65% còn đối với thuốc lá điếu có đầu lọc sản xuất chủ yếu bằng nguyên liệu sản xuất trong nớc là 45%.
- Điều 16 Khoản 2 Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt sửa đổi năm 2003 còn quy định cơ sở sản xuất lắp ráp ô tô trong nớc đợc giảm mức thuế suất theo Biểu thuế tiêu thụ đặc biệt quy định tại Điều 7 của Luật này nh sau: năm 2004 giảm 70%, năm 2005 giảm 50%, năm 2006 giảm 30%, từ năm 2007 nộp đúng thuế suất quy định, tức là áp dụng mức thuế suất nh nhau cho nhập khẩu và cả sản xuất trong nớc. Quy định nh vậy là vì ngành sản xuất ô tô tại Việt Nam là một ngành non trẻ nên Nhà nớc muốn trợ giúp, hay chính xác hơn là bảo hộ cho ngành này.
Theo quy định của pháp luật hiện hành thì Việt Nam vẫn còn áp dụng phụ thu đối với một số mặt hàng nh: Quyết định số 03/2000/QĐ-BTC của Bộ tài chính ngày 7/1/2000 quy định phụ thu 5% đối với bột PVC; Quyết định số 07/BVGCP của Ban vật giá chính phủ ngày 19/1/1999 quy định phụ thu 5% đối với chất hoá dẻo DOP; Quyết định số 42/2000/QĐ/BTC ngày 17 tháng 3 năm 2000 về việc quy định tỷ lệ thu chênh lệch giá đối với một số mặt hàng nhập khẩu; Quyết định số 42/2001/QĐ/BTC ngày 15 tháng 05 năm 2001 về việc qui định tỷ lệ thu chênh lệch giá đối với mặt hàng Clinker nhập khẩu.
Việc quy định phụ thu kể trên đã vi phạm nguyên tắc đối xử bình đẳng giữa hàng nhập khẩu và hàng tơng tự trong nớc. Vì vậy, loại bỏ phụ thu là cần thiết để đáp ứng yêu cầu của WTO về nguyên tắc Đối xử quốc gia.