Các ngân hàng cần phải dựa vào mô hình tổ chức tập trung hay phân tán, chiến lược phát triển của mình để tổ chức mô hình KSNB cho phù hợp với đặc thù ngân hàng. nhưng phải tuân theo nguyên tắc: KSNB cần phải tham gia vào các quy trình nghiệp vụ hàng ngày của ngân hàng để kịp thời phát hiện, xử lý các rủi ro khi cần thiết. Nhưng muốn thế, phải trao quyền cho các chuyên viên, kiểm soát viên nội bộ cần thiết và bản thân lực lượng này cũng phải rèn luyện bản lĩnh và trách nhiệm đảm bảo sự an toàn cho ngân hàng.
Mô hình KSNB gắn với mô hình tổ chức của NHTM là tập trung hay phân tán. Mô hình tập trung thì quyền lực tập trung ở Hội sở, Hội đồng quản trị và Ban lãnh đạo ở Hội sở là người ra các quyết định, đưa ra các chính sách, các kế hoạch, thống nhất từ Hội sở tới các chi nhánh, do đó, KSNB cũng thông suốt từ Hội sở về chi nhánh. Mô hình phân tán: ngân hàng đã phân cấp quản lý hoạt động kinh doanh cho các đơn vị trực thuộc ở mức độ cao, tức là đã phân phối nguồn vốn riêng, xác định lỗ lãi riêng nhằm phát huy tính chủ động sáng tạo của các đơn vị này trong hoạt động kinh doanh; do đó mỗi chi nhánh đều có quyền quyết định các kế hoạch, chính sách hoạt động của mình. Vì vậy, với mô hình tổ chức phân tán KSNB có ưu điểm là vươn tới được từng chi nhánh, hàng ngày, hàng giờ ở chi nhánh..., cũng có những hạn chế là khiến cho hệ thống không thông suốt về không gian địa lý và chịu ảnh hưởng của chi nhánh.
Tuy nhiên, nhiều ngân hàng đang nghiêng về mô hình tổ chức hệ thống KSNB thống nhất từ trên xuống dưới. Nhưng nếu chỉ đặt ở Hội sở thì một bộ phận của KSNB là KTNB cũng như toàn bộ chuyên viên sẽ đặt và làm việc ở Hội sở thì dẫn đến tình trạng là một năm chỉ có thể kiểm tra được một lần chi nhánh do cách trở về mặt địa lý. Để khắc phục hiện tượng này, các ngân hàng đã bắt đầu bố trí các KSV nội bộ ngồi tại các chi nhánh, nhưng biên chế thuộc về hội sở. Mô hình này đang tỏ ra có một số hiệu quả nhất định khi KSNB vẫn độc lập với chi nhánh, vẫn đảm bảo theo dõi được các công việc của chi nhánh.
Nhưng trên thực tế phát sinh một vấn đề là các ngân hàng đang có xu hướng xây dựng hệ thống phê duyệt tín dụng tập trung, nên chắc chắn việc bố trí KSNB mảng tín dụng ở chi nhánh là không cần thiết, chỉ bố trí lực lượng kiểm soát sau để kiểm tra chứng từ kế toán.
Nhìn chung, mô hình KSNB trực thuộc hội sở hay chi nhánh vẫ đang tiếp tục phải bàn và tiếp tục hoàn thiện. Việc này thể hiện qua chức năng, cơ cấu của các đơn vị KSNB, đặc biệt là kiểm soát sau hay bị thay đổi, từ trực thuộc khối này sang khối khác, từ trung tâm này sang trung tâm khác.
1.3. HIỆU QUẢ CỦA HỆ THỐNG KIỂM SOÁT NỘI BỘ TRONG NHTM
1.3.1. Quan niệm về hiệu quả của Hệ thống kiểm soát nội bộ trong NHTM
Hệ thống KSNB thực chất là các hoạt động, biện pháp, kế hoạch, quan điểm về nội quy, chính sách và nỗ lực của mọi thành viên trong tổ chức để đảm bảo cho tổ
chức đó hoạt động hiệu quả và đạt được mục tiêu đặt ra một cách hợp lý. Hệ thống này không đo đếm kết quả dựa trên các con số tăng trưởng mà chỉ giám sát nhân viên, chính sách, hệ thống, phòng ban của tổ chức đang vận hành ra sao; nếu giữ nguyên cách làm đó thì có khả năng hoàn thành kế hoạch hay không. Ngoài ra, thiết lập được một Hệ thống KSNB hữu hiệu sẽ hạn chế đến mức thấp nhất việc thất thoát tài sản của đơn vị.