tạo điều kiện cho các trường có quyền chủ động trong lập kế hoạch đào tạo – nghiên cứu khoa học và sản xuất...”. Ngành Đại học và Trung học chuyên nghiệp xác định 3 chương trình hành động là: cải cách đào tạo, đẩy mạnh nghiên cứu khoa học, lao động sản xuất cải thiện điều kiện vật chất kỹ thuật của đào tạo và xây dựng đội ngũ giáo viên, cán bộ quản lý giáo dục đào tạo.
Từ các nội dung trên, nghị quyết Đại hội nhiệm kỳ XI nhấn mạnh vào mục tiêu: Khai thác tiềm năng, trở thành trường đào tạo nhiều bậc, phù hợp với yêu cầu phát triển của nền kinh tế xã hội. Lãnh đạo có hiệu quả công tác nghiên cứu khoa học - lao động sản xuất - xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật và ổn định đời sống. Phải đổi mới công tác lãnh đạo, Đảng không trực tiếp can thiệp vào công việc của chính quyền, tránh lãnh đạo chung chung, phải chăm lo xây dựng sự đoàn kết nhất trí trong Đảng...
Đại hội bầu ra Ban chấp hành nhiệm kỳ XI gồm 9 đồng chí: Nguyễn Thị Muội Bí thư1, Đào Trọng Hùng Phó Bí thư, Đoàn Trọng Loan UV Thường vụ, Phan Ngọc Diệp, Nguyễn Thanh Hóa, Võ Thiên Lăng, Thái Văn Ngạn, Nguyễn Trọng Nho và Mai Kim Tiên.
Bộ máy tổ chức được sắp xếp lại, đồng thời tiếp tục điều chỉnh về công tác cán bộ. Ban Giám hiệu ông Đào Trọng Hùng Hiệu trưởng, ông Phan Ngọc Diệp Phó Hiệu trưởng2.
Tháng 2/1988, bổ nhiệm ông Dương Đình Đối Trưởng khoa Cơ khí, ông Nguyễn Trọng Nho Trưởng khoa Nuôi, ông Nguyễn Thanh Trưởng khoa Chế biến và ông Ngô Đình Chùy Trưởng khoa Khai thác.
Tháng 9/1988, do số sinh viên hệ đại học ngắn hạn và đào tạo theo địa chỉ tăng lên,
Ban điều hành đào tạo hệ mở rộng được thành lập3 để quản lý công tác này.
Tháng 12/1988, cấp khoa giải thể, hình thành 15 bộ môn chuyên ngành trực thuộc Giám hiệu. Đây là một phương án khá táo bạo với mục tiêu đề cao vai trò bộ môn để nâng cao hiệu quả đào tạo. Các bộ môn củng cố lại lực lượng, cử cán bộ đi bồi dưỡng chuyên môn, bổ sung giáo viên trẻ, biên soạn thêm giáo trình và đề nghị nâng cấp các phòng thí nghiệm, cơ sở thực hành...
Tuy nhiên việc các bộ môn trực thuộc Giám hiệu đã bộc lộ một số nhược điểm: đầu mối trực thuộc quá nhiều, bộ môn mất nhiều thời gian cho công tác quản lý. Khối giảng dạy bị chia nhỏ, trong khi khối hành chính lại gộp chung nhiều bộ phận khác nhau… Vì vậy, cần phải điều chỉnh để bộ môn được ưu tiên nhiều nhất cho công tác giảng dạy và nghiên cứu.