Việt Nam tham gia Chương trình Loại trừ Sốt xuất huyết toàn cầu từ năm 2006 và là nước thứ 2 sau Úc thử nghiệm thành công việc thay thế và duy trì quần thể muỗi tự nhiên bằng muỗi mang Wolbachia trong một khu vực thực địa hẹp. Trong các năm 2013 và 2014, Dự án đã triển khai thí điểm thả muỗi vằn mang Wolbachia ở thực địa đầu tiên là đảo Trí Nguyên (với khoảng 3.000 dân) thuộc phường Vĩnh Nguyên, Tp. Nha Trang. Kể từ khi Dự án ngừng thả muỗi (11/2014) đến nay, quần thể muỗi mang Wolbachia vẫn tự duy trì trên đảo. Về kết quả giám sát bệnh Sốt xuất huyết Dengue (SXH), từ đầu năm 2014 đến nay Đội Y tế Dự phòng TP. Nha Trang chỉ ghi nhận duy nhất một người dân trên đảo Trí Nguyên mắc SXH theo chẩn đoán xác định vào tháng 11/2015 và không có dấu hiệu bệnh lan truyền trên đảo. Trong khi đó, ở thành phố Nha Trang (đất liền) dịch SXH vẫn xảy ra hàng năm, đặc biệt năm 2015 ở Nha Trang và tỉnh Khánh Hoà nói chung đã xảy ra dịch SXH lớn.
Trong giai đoạn từ tháng 3/2015 đến tháng 2/2017, Dự án đã triển khai các nghiên cứu cơ bản tại thành phố Nha Trang nhằm thu thập dữ liệu cơ bản, chuẩn bị cho nghiên cứu đánh giá hiệu quả và tính bền vững của phương pháp sử dụng Wolbachia phòng bệnh SXH trong giai đoạn tiếp theo.
Ngày 23/01/2017, đề cương nghiên cứu “Đánh giá khả năng thiết lập ổn định quần thể muỗi vằn mang Wolbachia trên thực địa hẹp tại thành phố Nha Trang” của Dự án đã được Bộ Y tế phê duyệt. Hiện nay Dự án đang tiến hành các bước chuẩn bị cho việc triển khai thí điểm thả muỗi Wolbachia ở xã Vĩnh Lương (phía Bắc TP. Nha Trang), từ tháng 3 năm 2018.
Trước khi được Bộ Y tế phê duyệt và triển khai thực hiện, các đề cương nghiên cứu theo từng giai đoạn của Dự án đều được các Hội đồng chuyên môn của Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương và Bộ Y tế xem xét một cách kỹ lưỡng để đảm bảo các yêu cầu về mặt khoa học và đạo đức trong nghiên cứu y sinh học. Trong suốt quá trình thực hiện, Dự án cũng luôn nhận được sự ủng hộ của các cấp chính quyền địa phương cũng như sự đồng thuận cao của người dân trong cộng đồng. Hiện nay tại Việt Nam, dự án đang triển khai mở rộng quy mô lớn tại 3 tỉnh miền Nam và 2 nước còn lại của Đông Nam Á.