Phan Thanh Giản vào Nam
Tháng 7 năm Canh Thân (1860), nhằm năm Tự Đức thứ 13, Nguyễn Tri Phương lên đường vào Nam. Đồng thời Phan Thanh Giản ngược Bắc.
Liên quân Pháp – Y ở Sài Gòn lúc bấy giờ chỉ có độ 1.000 người. Quân của Nguyễn Tri Phương trên vạn.
Nguyễn Tri Phương vào xếp đặt ở Gia Định một cách rất có quy củ, đắp dãy đồn Kỳ Hòa (người Pháp gọi là Chí Hòa), ra quân chống nhau với quân Pháp do Đại tá d’Ariès chỉ huy.
Quân Pháp cố thủ đánh cầm chừng chờ binh cứu tiếp viện. Đến tháng 9 năm ấy (1860), liên quân Anh-Pháp thắng lợi ở nước Tàu, đại biểu nhà Thanh là Lý Hồng Chương ký tờ hòa ước với hai nước Anh-Pháp. Đã rảnh tay, Chính phủ Pháp liền sai Trung tướng Charner tiện đường kéo binh thuyền đến Việt Nam, chủ trương việc lấy Nam kỳ.
Tháng giêng năm Tân Dậu (1861), Trung tướng Charner đem cả thảy 70 chiếc tàu và 3.500 quân bộ kéo đến Gia Định, rồi truyền lệnh tiến quân đánh đồn Kỳ Hòa.
Đồn Kỳ Hòa thất thủ. Nguyễn Tri Phương quân thua bỏ đồn chạy về Biên Hòa, nhằm ngày 26 tháng hai 1861. Trận này, Nguyễn Tri Phương bị thương, người em là Nguyễn Duy tử trận. Tham tán quân vụ Phạm Thế Hiển chạy về đến Biên Hòa được mấy hôm thì mất. Về bên liên quân Pháp – Y chết mất nhiều vị võ quan, như quan năm Testard, quan ba De Lareynière, còn Lục quân Thiếu tướng Vaissoigne, người Pháp, Đại tá Palanca, người Y-pha-nho, với hai vị quan ba Foucault, De Rodelle, quan hai Berger, mấy vị quan Noel, Frostin và Joly đều bị thương, quân lính thì chết hơn 300 người.
Phá được đại đồn Kỳ Hòa rồi, Trung tướng Charner tiến đánh Biên Hòa, Thủ Dầu Một và Tây Ninh, rồi quay về đánh tỉnh Định Tường (Mỹ Tho).
Trận đánh Mỹ Tho xảy ra vào cuối tháng hai năm Tân Dậu (1861). Trung tướng Charner chỉ huy, một mặt sai Trung tá Bourdais đem tàu tiến đánh các đồn, một mặt sai Thiếu tướng Page đi đường bể, theo cửa sông Mékong vào; rồi hai mặt hiệp binh cùng tiến đánh lấy thành Mỹ Tho. Quan Hộ đốc Nguyễn Công Nhàn bỏ thành chạy.
Lấy được luôn Mỹ Tho, Trung tướng Charner cho hoãn việc binh ít lâu để lo sửa sang việc cai trị trong địa hạt mới chiếm.
Triều đình Huế liền sai Nguyễn Bá Nghi làm Khâm sai đại thần vào kinh lý việc Nam kỳ. Nguyễn Bá Nghi liệu thế không chống nổi với quân Pháp, dâng sớ xin giảng hòa. Nhưng quan đại thần Trương Đăng Quế ở trong triều chủ chiến, nhất quyết mưu sự chống giữ.
Chống là phải. Vì lúc ấy dù có muốn giảng hòa chắc cũng khó, bởi người Pháp đã có ý định chiếm Nam kỳ làm thuộc địa để mở rộng thế lực nước Pháp ở Viễn Đông. Xem như việc sau này thì rõ.
Chẳng những Trương Đăng Quế ở trong triều chủ chiến, mà ngay trong Nam kỳ vào buổi ấy cũng đã xảy ra những trận đánh do nhân dân tự động kháng chiến, tổ chức cơ quan binh bị phòng vệ. Có tiếng nhất trong buổi bấy giờ là những cuộc khởi nghĩa của Huyện Toại và Quản Định ở Gò Công, Phủ Cao ở Mỹ Tho, Thiên Hộ Dương ở Đồng Tháp Mười.
Dân tình khổ sở vì ngoại xâm, nội loạn. Cả hai Chính phủ Pháp, Việt đều không yên, dân hai nước đều làm vật hy sinh cho hai thần ác: tham và giận một cách đau xót.
Sợ tướng mỏi quân mệt, đến tháng mười năm Tân Dậu (1861), Chính phủ Pháp sai Hải quân Thiếu tướng Bonard sang thay cho Trung tướng Charner về nghỉ.
Bonard sang. Cuộc chinh phục rộng lớn bắt đầu. Lần lượt, Biên Hòa, Bà Rịa và Vĩnh Long thất thủ.
Giặc ngoài chưa yên. Sang đầu năm Nhâm Tuất (1862), trong nước lại thêm có loạn: ở Bắc Việt thì có tên Phùng, tên Trường đánh phá rất ngặt ở mặt Quảng Yên và Hải Dương; Nguyễn Văn Thịnh tục gọi là cai tổng Vàng thì phá rối ở Bắc Ninh.
Triều đình Việt Nam lo lắng. Giữa lúc ấy chợt có tin từ Gia Định đưa về cho hay rằng: Thiếu tướng Bonard có ý muốn giảng hòa.
Tình thật hay chỉ là một trò phóng tin để dò tin bên địch? Chỉ biết rằng sau khi có tin ấy, thì có Trung tá Simon vâng lệnh Bonard đem chiếc tàu Forbin vào cửa Thuận An để chực xem Triều đình Huế có xin hòa không.
Dù sao thì sao, tình thế trong nước ta bấy giờ buộc phải hòa là hơn. Nhưng chẳng biết kẻ nào được thế sẽ còn buộc những điều kiện gì đây. Triều đình ngần ngại, nhưng rốt ra cũng phải sai Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp vào Gia Định giảng hòa.
Vua Tự Đức bổn thân rót ngự tửu ban cho Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp, bày tỏ sự đặt tín nhiệm hoàn toàn vào hai cụ.
Để cho hai cụ có đủ uy quyền thương thuyết với Thiếu tướng Bonard, vua Tự Đức xuống dụ phong cho cụ Phan làm Chánh sứ, Toàn quyền đại thần, và phong cho cụ Lâm làm Phó sứ.
Ngày 16 tháng tư năm 1862, hai cụ Phan, Lâm xuống tàu Forbin vào Nam với xứ mạng giảng hòa.