Tương tự như đối với khoản 2 Điều 186 và khoản 2 Điều 187 Bộ luật hình sự, trong cùng một khung hình phạt nhà làm luật quy định hai tình tiết có tính chất mức độ nguy hiểm khác nhau là yếu tố định khung hình phạt, đó là: “phạm tội gây hậu quả rất nghiêm trọng
hoặc đặc biệt nghiêm trọng”.
Tương tự như trường hợp gây hậu quả nghiêm trọng, việc xác định hành vi huỷ hoại nguồn thủy sản gây hậu quả rất nghiêm trọng hoặc đặc biệt nghiêm trọng không thể tham khảo Thông tư số 02/TTLT-TANDTC-VKSNDTC-BCA-BTP ngày 25 tháng 12 năm 2001 của Toà án nhân dân tối cao, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Bộ Công an và Bộ Tư pháp hướng dẫn áp dụng một số quy định tại Chương XIV Bộ luật hình sự năm 1999, mà phải đánh giá một cách toàn diện các thiệt hại cả về vật chất và phi vật chất do hành vi huỷ hoại ngừôn lợi thủy sản gây ra.
Người phạm tội thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 của điều luật có thể bị phạt tù từ hai năm đến năm năm, là tội phạm nghiêm trọng.
Khi quyết định hình phạt đối với người phạm tội, nếu chỉ gây hậu quả rất nghiêm trọng và có nhiều tình tiết giảm nhẹ quy định tại Điều 46 Bộ luật hình sự, không có tình tiết tăng nặng, thì có thể được áp dụng hình phạt dưới hai năm tù hoặc chuyển sang hình phạt khác nhẹ hơn; nếu người phạm tội gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng và có nhiều tình tiết tăng nặng quy định tại Điều 48 Bộ luật hình sự, không có tình tiết giảm nhẹ hoặc nếu có nhưng mức độ giảm nhẹ không đáng kể, thì có thể bị phạt đến năm năm tù.
3. Hình phạt bổ sung
Ngoài hình phạt chính, người phạm tội còn có thể bị phạt tiền từ hai triệu đồng đến hai mươi triệu đồng, cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định từ một năm đến năm năm.
Khi áp dụng hình phạt bổ sung đối với người phạm tội cần chú ý:
Chỉ áp dụng hình phạt tiền là hình phạt bổ sung nếu hình phạt chính áp dụng đối với bị cáo không phải là hình phạt tiền.
Toà án có thể áp dụng một loại hình phạt bổ sung nhưng cũng có thể áp dụng tất cả các loại hình phạt bổ sung được quy định tại khoản 3 của điều luật.
Khi áp dụng hình phạt cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định cần tuyên rõ cấm đảm nhiệm những chức vụ cụ thể gì, cấm hành nghề gì và cấm làm công việc cụ thể gì, mà không tuyên chung chung như quy định của điều luật.