Phương pháp ly trích DNA được thực hiện theo quy trình của Sambrook và ctv, 2001: Phương pháp sử dụng CTAB/NaCl đã có cải tiến. Quy trình thực hiện như sau:
- Thu sinh khối vi khuẩn bằng cách ly tâm dịch vi khuẩn 10.000 vòng/5 phút/4oC. Rửa sinh khối thu được với 1ml nước cất hai lần vô trùng và đánh tan bằng vortex (thường 2- 3 lần).
- Hòa tan sinh khối vi khuẩn thu được trong 567 ul dung dịch TE và đánh tan bằng vortex, thêm 30 ul dung dịch SDS 10% và đánh tan bằng vortex. Sau đó ủ ở 37oC khoảng 1 - 2 giờ.
- Cho thêm vào 100 ul dung dịch NaCl , hòa tan thật kỹ bằng vortex.
- Thêm vào 80 ul dung dịch CTAB/NaCl ( khoảng 1/10 thể tích). Pha trộn (đánh tan bằng vortex), ủ ở 650C/1O phút.
- Thêm vào 780 ul dung dịch hỗn hợp Chloroform/Isoamyl alcohol (24:1:v/v). Hòa lẫn đều bằng lắc tay, ly tâm 12.000 vòng/10 phút/4oC.
- Thu hết dung dịch bên trên (dung dịch DNA) cho vào eppendorf mới. Nếu không thể phân biệt mặt phân cách chung giữa các dung dịch có thể ly tâm thêm lần nữa ở tốc độ lớn hơn.
- Chiết xuất dung dịch DNA với Phenol/Chloroform/Isoamyl alcohol (25:24:1:v/v). Hòa lẫn đều bằng cách lắc tay, ly tâm 14.000 vòng/10 phút/4oC. Thu lấy dung dịch bên trên cho vào eppendorf mới (khoảng 500 UÌ).
- Kết tủa DNA với dung dịch Isopropanol, dùng khoảng 0,6 thể tích của dung dịch (khoảng 300 ul) và ủ ở tủ - 20oC/30 phút. Sau đó ly tâm 12.000 vòng/10 phút/40C. Thu lấy kết tủa sau khi ly tâm.
- Rửa kết tủa bằng Ethanol 70% (khoảng 500 Lil).Tốt hơn có thể dùng Ethanol 70% được làm lạnh - 200C, nghiêng nhẹ qua lại. Ly tâm 13.000 vòng/10 phút/4oC. Đổ cồn ra hết và làm khô bằng cách cho cồn bay hơi.
- Hòa tan kết tủa trong 40 Lil dung dịch TE, đem giữ trong tủ mát 40C trong suốt thời gian thử nghiệm.