Các hoạt động trên bờ như chặt phá cây trên các đảo san hô, khai hoang nông nghiệp vùng ven bờ, xây dựng và đô thị hoá (thành phố Hạ Long, Cát Bà, thành phố Nha Trang…), nạo vét luồng lạch và các hoạt động giao thông - cảng, khai thác than (ở Quảng Ninh) và san hô chết (Khánh Hoà)… đã đóng góp phần gia tăng độ đục đáng kể ở vùng ven bờ, gây ảnh hưởng trực tiếp cho rạn san hô vùng Quảng Ninh - Hải Phòng và Nha Trang. Ngoài ra, ô nhiễm dầu đã xảy ra ơ một số vùng.
Ô nhiễm môi trường nước do các hoạt động sản xuất nông nghiệp như sử dụng thuốc trừ sâu, các hóa chất và phân bón trong công nghiệp là vấn đề chủ yếu với vấn đề môi trường nước ở đồng bằng sông Hồng và sông Cửu Long, đặc biệt là các vùng thâm canh lúa. Nhiều chuyên gia đã nhận xét sự lạm dụng về sử dụng thuốc trừ sâuđang dùng cần được xem xét. Đa số thuốc dùng là phốt phát hữu cơ (48%), hoặc cacbonnat (36%), pyrethroid (7%) và gốc chorine (8%) (Phạm Thị Dung, 1993). Các loại thuốc này tác dụng độc lên cá và động vật không xương sống khác. Chỉ tính riêng các tỉnh phía nam lượng thuốc trừ sâu dùng năm 1990 là 5.615 tấn. Nhiều vùng ruộng sau khi phun thuốc nồng độ cao thường gây chết hàng loạt cho cá và các loài thỷu sản khác, đặc biệt là nhóm cá đồng.
Việc sử dụng phân tươi làm phân bón trực tiếp cho các ao cá hoặc bón phân không dược xử lý sơ sài đã gây ô nhiễm. Việc nuôi cá lồng với đối tượng cá Trắm cỏ quá mức ở các hồ chứa gây ô nhiễm môi trường nền đáy hồ và dịch bệnh cho cá. Nghề nuôi tôm, cá chưa được qui hoạch phát triển hợp lýcác chất bón hữu cơ, các chất diệt cá dữ trong ao chảy ra sổng rạch đã gây ô nhiễm môi trường xung quanh.