Sự phát triển bền vững đang là mục tiêu phát triển chiến lược của ngành thuỷ sản. Mục tiêu mà phát triển bền vững hướng đến chính là kinh tế xã hội phát triển trên cơ sở môi trường, nguồn lợi được bảo vệ.
- Về khía cạnh nguồn lợi: Trên cơ sở sinh thái học và thực tiễn sản xuất, khai thác phải đi đôi với bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản. Bảo vệ là một trong những nguyên tắc cơ bản của sinh thái học và là nội dung điều chỉnh mối quan hệ giữa khai thác và sử dụng nguồn lợi thuỷ sản thiên nhiên. Quản lý nguồn lợi thuỷ sản không chỉ đảm bảo việc tái sản xuất của đối tượng khai thác, bảo vệ sự trong lành của môi sinh, bảo vệ các hệ sinh thái liên quan đến đời sống của sính vật mà còn bao gồm cả việc nuôi trồng thuỷ sản ở các vùng nước để bổ sung, tái tạo, làm giàu, phong phú nguồn lợi thuỷ sản.
- Về con người: Đó là ý thức, là các phương thức quản lý dựa vào cơ chế, chính sách pháp luật để hướng đến khai thác hợp lý và bảo vệ môi trường, nguồn lợi thuỷ sản.
Cụ thể:
- Bảo vệ tốt môi trường, hệ sinh thái liên quan đến sinh sản, sinh trưởng và nơi tập trung của các đối tượng có giá trị kinh tế.
- Trước mắt và lâu dài, vùng ven bờ (dưới 30m nước) vẫn là nơi chiếm sản lượng chủ yếu, vì vậy vấn đề tổ chức khai thác hợp lý, điều chỉnh nghề nghiệp vùng ven bờ và các sông, hồ chứa thiên nhiên là nhiệm vụ cần được quan tâm đầy đủ và đúng mức. Đồng thời phải đẩy mạnh việc nâng cao sản lượng vùng khơi, phát triển nuôi trồng thuỷ sản.
- Xây dựng, quản lý các khu vực cần bảo vệ, các nghề cấm, hạn chế khai thác. Tăng cường quản lý nghề cá đầu vào tức là quản lý số lượng, kích thước và ngư cụ của tàu thuyền đánh cá các loại.
- Đẩy mạnh việc quản lý theo các chỉ số nghề cá như số lượng tàu thuyền, năng suất khai thác, sản lượng, giá trị sản lượng, thành phần sản lượng và kích thước cá… Việc theo dõi liên tục các chỉ số trên giúp ta có được sự đánh giá sát
thực nghề cá trong từng thời kỳ, qua đó có biện pháp quản lý phù hợp là xu hướng quản lý hiện đại.
- Phòng trừ dịch bệnh cho các đối tượng thuỷ sản và đảm bảo chất lượng thức ăn sử dụng trong nuôi trồng thuỷ sản.
- Phối hợp với các nước trong khu vực về việc bảo vệ môi trường, bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, bảo vệ các đối tượng di cư xa.
- Nâng cao nhận thức về quản lý phát triển bền vững ở tất cả các cấp quản lý và cộng đồng dân cư.
Để từng bước thực hiện các định hướng trên cần phải triển khai những vấn đề thiết yếu sau: