Có nhiều nguyên nhân dẫn đến việc CPH các DNNN bị chậm, trong đó có thể kể đến một số nguyên nhân chính sau:
2.2.2.1 Ảnh hưởng từ suy giảm kinh tế
Thị trường Việt Nam đang trong giai đoạn nền kinh tế suy giảm nên không nhiều hấp dẫn dẫn tới khi cổ phần hóa không hấp dẫn được các nhà đầu tư, nhất là đối với các nhà đầu tư nước ngoài cũng tác động nhiều đến CPH. Bên cạnh đó, tư tưởng của một số giám đốc doanh nghiệp còn chần chừ chưa quyết tâm. Một số vướng mắc trong vấn đề chính sách của cổ phần hóa phát sinh trong thực tế và cơ quan quản lý nhà nước đang trong quá trình nghiên cứu sửa đổi cũng là một trong những yếu tố cản trở tốc độ CPH. Tập đoàn Dệt may Việt Nam (Vinatex) đang gồng mình vượt qua trắc trở trong quá trình đẩy nhanh tiến độ CPH các DN thành viên, để sớm cán đích CPH Cty mẹ - Vinatex. Theo Chủ tịch Hội đồng Quản trị Vinatex, Lê Quốc Ân, hiện phần lớn các DN thành viên của Tập đoàn đã CPH xong, chỉ còn xây dựng phương án CPH Cty mẹ, dự kiến hoàn tất vào năm 2011. Tuy nhiên, lãnh đạo Vinatex cũng để ngỏ thời điểm cụ thể trong năm 2011, vì việc CPH tùy thuộc rất lớn vào tình hình kinh tế, đặc biệt là thị trường chứng khoán có ủng hộ hay không.
2.2.2.2 Thể chế quản lý kinh tế chưa tạo ra sự bình đẳng giữa các DN
Hiện nay, vẫn có sự phân biệt đối xử giữa DNNN với các đối thủ cạnh tranh thuộc thành phần kinh tế khác. Thực tế là, giữa chính sách coi mọi DN đều bình đẳng trước pháp luật và thực tiễn còn có khoảng cách, ngay khuôn khổ pháp luật vẫn có sự phân biệt đối xử giữa cácDN của các thành phần kinh tế khác. Những khó khăn mà DN “sợ sẽ xảy ra sau khi đổi mới DN là sự chậm trễ và trở ngại trong việc chuyển giao quyền sử dụng đất của DNNN sang công ty cổ phần, việc tiếp cận nguồn tín dụng của các công ty cổ phần bị hạn chế hơn do quan quan hệ với ngân hàng trở nên khó khăn hơn, phải chịu sự khác biệt giữa khu vực tư nhân và nhà nước trong việc thuê đất, miễn giảm thuế,… Mặt khác, một khi còn là DNNN thì
nhà nước sẽ đứng ra bảo lãnh cho các vấn đề tài chính, các khoản vay của DN, khi doanh nghiệp phá sản hay giải thể, NN sẽ đứng ra chịu trách nhiệm với các khoản công nợ trước đây. Chính những lợi thế này đã khiến cho nhiều DN vẫn còn chần chừ không muốn CPH.
2.2.2.3 Khó khăn trong việc định giá doanh nghiệp
Những DN còn lại nằm trong kế hoạch CPH của NN chủ yếu là các Tổng công ty, tập đoàn. Việc xác định giá trị những doanh nghiệp trên sẽ khó có thể áp dụng kinh nghiệm của những lần CPH các DN nhỏ trước đây. Bởi những DN này có quy mô rộng, việc xác định chính xác tài sản bao gồm đất đai, các khoản nợ, các lợi thế kinh doanh hay giá trị thương hiệu đều đòi hỏi một trình độ thẩm định cao hơn. Theo Nghị định 44/1998/NĐ-CP, giá trị doanh nghiệp là giá trị thực tế theo giá thị trường, có nghĩa là phải định được giá của các yếu tố vô hình, như uy tín, vị trí, lợi thế… của doanh nghiệp. Nhưng chung quanh những yếu tố này rất khó tìm được sự thống nhất giữa doanh nghiệp và hội đồng định giá. Điều đó đã làm chậm quá trình xác định giá trị doanh nghiệp, đồng thời làm cho việc xác định giá trị doanh nghiệp của hội đồng định giá không sát với giá thị trường.Tổng Cty Giấy Việt Nam (Vinapaco) có kế hoạch hoàn tất CPH sau khi bán đấu giá cổ phần lần đầu trên Sở giao dịch Chứng khoán Hà Nội diễn ra trong quý I/2010, nhưng đến nay coi như bị… vỡ kế hoạch. Sở dĩ như vậy, theo lãnh đạo Vinapaco, Chính phủ đã chỉ đạo tạm dừng CPH Tổng Cty, để chuyển sang mô hình Cty TNHH một thành viên trước ngày 1/7/2010 hoạt động theo Luật DN. Đồng thời, với nhiều nguyên nhân khác khiến kế hoạch CPH của Vinapaco gặp trở ngại. Trong đó, chủ yếu vẫn là do khó khăn trong định giá các Cty lâm nghiệp thành viên, mà các DN trồng rừng lại có liên kết với khá đông dân cư, nên rất khó trong việc phân định tỷ lệ giá trị tài sản của người dân và DN tại các khu rừng.
Có thể nói việc áp dụng cứng nhắc hai phương pháp định giá cũng góp phần gây chậm trễ cho tiến trình cổ phần hoá, bởi mỗi phương pháp lại bộc lộ rõ những mặt hạn chế trong thực tiễn áp dụng tại Việt Nam.
Phương pháp giá trị tài sản thuần đã chỉ ra giá trị của những tài sản cụ thể cấu thành GTDN. Có thể nói, giá trị của các tài sản đó là một căn cứ cụ thể, có tính pháp lý rõ ràng nhất về khoản thu nhập mà người mua chắc chắn sẽ nhận được khi sở hữu doanh nghiệp. Phương pháp xác định giá trị tài sản thuần đã chỉ ra rằng có một khoản thu nhập tối thiểu mà người sỡ hữu nhận được. Đó cũng là một mức giá thấp nhất, là cơ sở đầu tiên để các bên có liên quan đưa ra trong quá trình giao dịch và đàm phán về giá bán của doanh nghiệp.Phương pháp này đặc biệt thích hợp với những doanh nghiệp nhỏ mà số lượng tài sản không nhiều, việc định giá tài sản không đòi hỏi những kỹ thuật phức tạp, giá trị các yếu tố vô hình là không đáng kể, các doanh nghiệp có chiến lược kinh doanh không rõ ràng, thiếu căn cứ xác định các khoản thu nhập trong tương lai.
Việc ứng dụng phương pháp chiết khấu dòng tiền gặp phải những khó khăn khi ước lượng tỷ suất hiện tại hoá (i) và chu kỳ đầu tư (n). Bên cạnh đó còn phức tạp hơn khi còn phải dự báo thêm các “dòng tiền vào” và “dòng tiền ra”, như khấu hao TSCĐ, lợi nhuận thuần, vốn đầu tư. Đối với các doanh nghiệp nhỏ không có chiến lược kinh doanh không rõ ràng thì phương pháp này trong chừng mực nào đó còn mang nhiều tính lý thuyết. Phương pháp chiết khấu dòng tiền đòi hỏi người đánh giá phải có năng lực chuyên môn tài ba trong lĩnh vực thẩm định dự án đầu tư. Để phương pháp này trở thành hiện thực còn đòi hỏi một lượng thông tin lớn để đánh giá các yếu tố môi trường vĩ mô, vi mô, các yếu tố bên trong và bên ngoài tác động đến doanh nghiệp.