Sau khi thực hiện tích hợp vấn đề BĐKH vào quy hoạch phát triển KT-XH qua ĐMC, các vấn đề nhƣ thể chế, cơ cấu tổ chức, ngân sách… có thể sẽ phát sinh để hoàn thiện đƣợc các hoạt động phát triển:
- Để thực hiện các hoạt động phát triển có tích hợp vấn đề BĐKH, cần bổ sung một đội ngũ cán bộ từ quản lý đến thực hiện, giám sát có kiến thức đa ngành, đặc biệt là cán bộ có hiểu biết về BĐKH. Điều này có thể dẫn đến sự ra đời các phòng ban mới và sẽ làm tăng sự cồng kềnh của bộ máy;
- Cần cơ chế cụ thể cho việc thực hiện, cơ chế phối hợp, cơ chế trao đổi thông tin, cơ chế giám sát, việc này có thể làm phát sinh các thủ tục hành chính và tăng khối lƣợng công việc cần phải giải quyết. Trong một số trƣờng hợp có thể kéo dài thời gian thực hiện của một hoạt động phát triển, làm giảm hiệu quả của việc tích hợp;
- Kinh phí đầu tƣ cho các hoạt động tăng lên bên cạnh ngân sách phát sinh cho duy trì hoạt động của bộ máy mới. Cơ chế, quy trình phân bổ nguồn vốn cho các hoạt động này từ cấp trung ƣơng đến địa phƣơng cũng cần đƣợc thiết lập;
- Xây dựng cơ chế khai thác và cung cấp nguồn dữ liệu liên quan đến BĐKH;
- Để bổ sung cho nguồn ngân sách, các khoản thuế, phí có thể bị điều chỉnh, điều này sẽ tạo thêm gánh nặng cho các doanh nghiệp, tổ chức,… Các nguồn vốn ODA cũng sẽ đƣợc tận dụng nhƣng lại làm tăng nợ công.