Bên cạnh những thành tựu đạt được, Công ty Lương thực Thanh Nghệ Tĩnh không tránh khỏi gặp nhiều khó khăn.
Mặc dù sản lượng xuất khẩu hàng năm của Công ty tăng cao, nhưng nếu so với tổng kim ngạch xuất khẩu gạo và nhu cầu của thị trường thế giới thì đây là con số rất nhỏ. Trong quá trình hoạt động xuất khẩu gạo của mình Công ty đã gặp một số khó khăn sau:
- Gạo xuất khẩu của Công ty còn kém sức cạnh tranh so với những nước xuất khẩu lớn trên thế giới, doanh lợi ngoại tệ thu được từ hoạt động xuất khẩu gạo chưa phản ánh đúng thực tế giá cả thị trường thế giới.
- Việc thu mua lúa gạo chuẩn bị cho kinh doanh và phục vụ xuất khẩu của Công ty chủ yếu là các tỉnh miền Trung. Đây là một khó khăn trong công tác thu mua tạo nguồn hàng của Công ty vì chi phí cho công tác này rất lớn. Hơn nữa công tác bảo quản, dự trữ, chế biến gạo của Công ty còn nhiều yếu kém. Bởi vậy chất lượng gạo xuất khẩu của Công ty nói riêng và của Việt Nam nói chung vẫn thấp so với các nước xuất khẩu khác.
- Xuất khẩu của Công ty còn mang tính từng chuyến, từng đợt chưa tìm được bạn hàng và thị trường tiêu thụ ổn định. Mặt khác, Công ty chưa tiếp cận được những thông tin thực, đầy đủ nên việc phán đoán khả năng diễn biến của thị trường giá cả chưa chính xác, còn nhiều hạn chế. Nói chung, chúng ta
chưa chủ động tổ chức được mạng lưới thị trường xuất khẩu mà còn phụ thuộc nhiều vào quan hệ cung cầu tự phát trên thị trường.
- Công ty đã tạo dựng được thị trường ổn định ở châu Á, một số nước ở châu Phi, châu Mĩ Latinh sẽ là một thị trường tiềm năng cho mặt hàng gạo xuất khẩu của Công ty. Tuy nhiên, xuất khẩu gạo của Công ty vẫn thiếu một chiến lược thị trường đối với các thị trường lớn. Do khả năng tài chính và nhiều mặt khác còn hạn chế nên có một số yêu cầu của khách hàng về mua trả chậm 1- 2 năm nhưng Công ty đều không thực hiện được.
- Trình độ, kinh nghiệm của cán bộ kinh doanh xuất nhập khẩu còn chênh lệch so với đối tác nước ngoài. Đội ngũ cán bộ Công ty mặc dù đã được đào tạo và đào tạo lại một cách cơ bản, khoa học nhưng do kinh nghiệm thực tế còn thiếu và phương tiện làm việc không đầy đủ đã cản trở họ trong việc giao dịch, kí kết hợp đồng với các đối tác nước ngoài.
- Thông tin thị trường còn mơ hồ, công ty không chủ động được nguồn cung và cầu trong tương lai gần, trong quá trình kinh doanh còn mang tính chất tranh thủ nặng hình thức, chưa linh hoạt chủ động tìm kiếm bạn hàng đối tác mới trong kinh doanh xuất khẩu mặt hàng gạo, còn chông chờ vào đối tác nước ngoài hoặc các đối tác tự tìm đến với mình tạo ra chu trình phức tạp trong kinh doanh lại mất chi phí rất nhiều cho khâu trung gian trong việc cắt phần trăm hoa lợi thu được từ việc xuất khẩu gạo