Tác động chung trong giai đoạn vận hành của Dự án là rất tích cực, tuy nhiên có thể có một số rủi ro liên quan đến an toàn đập, đê, kè, xung đột về sử dụng đất, nƣớc, xói lở bờ biển và vấn đề chất lƣợng nƣớc trong thời điểm cực hạn. Những rủi ro trong quá trình vận hành đƣợc phân tích sau đây
Rủi ro vỡ đập, đê, kè: Trong các TDA đề xuất có 7 đập lớn theo tiêu chí của WB và nhiều đập nhỏ cùng với đê, kè. Tất cả các TDA liên quan đến đập, đê, kè đều đƣợc tập trung nâng cấp hoặc sửa chữa để nâng cao độ an toàn của công trình. Tuy nhiên rủi ro vỡ đập, đê, kè vẫn có thể xảy ra trong quá trình hoạt động do: (1) năng lực thiết kế, thi công và vận hành yếu kém, (2) thiếu nguồn tài chính và (3) giám sát vận hành và kiểm tra an toàn đập không đầy đủ. Khả năng xảy ra rủi ro này đƣợc cho là khá thấp nhƣng sẽ để lại những hậu quả khó lƣờng nếu xảy ra, đặc biệt trong những điều kiện cực hạn.
Xung đột trong sử dụng đất, nước. Nguy cơ này có thể xảy ra trong quá trình vận hành Dự án nếu nhƣ các cửa van hồ chứa sau khi đƣợc nâng cấp không đƣợc vận hành thích
58 hợp dẫn đến ngập lụt và ảnh hƣởng đến sinh hoạt và sản xuất vùng hạ du. Nguy cơ này cũng có thể xảy ra đối với TDA nâng cấp đê. Khi hệ thống đê một bên sông đƣợc nâng cao trình và kiên cố hóa, nƣớc lũ sẽ tràn sang bờ kia sông gây ngập lụt nặng nề hơn và phát sinh những tác động tiêu cực cho ngƣời dân và môi trƣờng. Trƣờng hợp này có thể thấy trong TDA “Nâng cấp đê bờ bắc sông Dinh – tỉnh Ninh Thuận”.
Nguy cơ xói lở và vấn đề chất lượng nước vùng ven biển: Trong hợp phần 4 có 3 TDA liên
quan đến nạo vét và xây dựng đập chắn sóng, kè bờ sông khu vực cửa sông. Các công trình này có thể cản trở dòng chảy, vận chuyển bùn cát dọc bờ và từ sông ra biển. Do vậy các TDA này có thể gây ra xói lở hoặc ảnh hƣởng đến các lợi ích sử dụng vùng cửa sông, ven biển (ví dụ nhƣ vùng nuôi trồng thủy, hải sản, bãi biển). Cũng cần chú ý rằng trong quá trình hoạt động của TDA, lƣợng lớn tầu, thuyền ra vào cảng lớn hơn từ đó làm đe dọa đến chất lƣợng nƣớc vùng cửa sông ven biển do gia tăng độ đục, dò rỉ dầu và chất thải (rắn và lỏng) từ tầu thuyền và các khu hậu cần nghề cá. Bên cạnh đó, sự gia tăng hoạt động tầu thuyền còn ảnh hƣởng đến các hệ sinh thái vùng cửa sông (rừng ngập mặn, san hô, cỏ biển). Để tránh những tác động này, cần phải có một nghiên cứu sơ bộ về điều kiện môi trƣờng, sinh thái và khả năng xói lở vùng cửa sông, ven biển trong quá trình chuẩn bị KQM của TDA để xác định các tác động tiêu cực và các biện pháp giảm thiểu thích hợp.