Kết quả của dự án trong thời hạn cho vay thờng đợc quan tâm nhiều hơn là kết quả của cả đời dự án vì vậy việc thẩm định đã không phản ánh đầy đủ hiệu quả của dự án. Dù biết rằng nếu đợc trả đủ nợ trong thời hạn cho vay thì Ngân hàng cũng nh các bên tham gia không cần tiếp tục quan tâm tới dự án nữa, nhng khi thẩm định Ngân hàng vẫn cha chắc chắn liệu mình có đợc trả nợ đúng hạn hay không, thế nên cần xem xét đầy đủ hiệu quả của dự án vì đây là cơ sở tốt nhất để đánh giá độ an toàn cho khoản vay.
Việc xác định sản lợng để tính doanh thu và chi phí hàng năm của dự án tuy đã xem xét đến các yếu tố thị trờng, tính cạnh tranh của sản phẩm và so sánh với các sản phẩm tơng tự nhng vẫn còn mang tính ớc lợng chủ quan, cha có một phơng pháp phân tích định lợng hay một phơng pháp toán học thống kê nào để xác định một cách chính xác, khoa học.
Giá bán sản phẩm thờng đợc tính cố định trong suốt thời gian hoạt động của dự án (Dự án Xi măng Chinfon Hải Phòng, dự án thuỷ điện Pleikrông) là cha hợp lý mà cần phải dự báo đợc cung cầu thị trờng trong thời gian dự án hoạt động để dự tính giá bán sát với giá thị trờng. Một số dự án đã tính đến yếu tố trợt giá, lạm phát nh- ng nhiều dự án còn cha quan tâm tới các yếu tố này.
Doanh thu để tính hiệu quả tài chính mới chỉ gồm doanh thu do tiêu thụ sản phẩm chính chứ cha tính đến doanh thu do tiêu thụ sản phẩm phụ. Điều này dẫn đến kết quả tính toán thiếu chính xác, thiếu khoa học.
Về các khoản mục chi phí, việc tính toán nhiều khi mới đảm bảo đầy đủ các khoản mục nhng cha đảm bảo tính chính xác hợp lý của các khoản mục, cha thực sự gắn với đặc thù của từng lĩnh vực, từng dự án cụ thể.
Khoản thu hồi vốn lu động ròng và giá trị thanh lý tài sản cố định đôi khi vẫn còn bị bỏ sót (dự án thuỷ điện Pleikrông). Tuy không phải tất cả nhng một số dự án trong cơ cấu tổng vốn đầu t có vốn lu động nhng khi tính toán nguồn thu nhập của dự án lại bỏ sót khoản thu hồi này và giá trị thanh lý tài sản cố định cuối đời dự án. Do vậy hiệu quả tài chính của dự án đợc đánh giá cha đầy đủ và còn thiếu chính xác (Trung tâm phân phối khí Phú Mỹ).