Công ty KTCTTL là đơn vị kinh tế độc lập, vì thế hiệu quả là mục tiêu lớn nhất của Công ty. Mục tiêu lớn nhất của Công ty là làm sao đạt đợc hiệu quả cao nhất mà ở đây là hiệu quả hoạt động dịch vụ thuỷ nông phục vụ sản xuất nông nghiệp. Công ty qua các năm luôn phải tìm ra các biện pháp thích hợp để đạt đợc mục tiêu của mình trong quá trình hoạt động. Có thể nói dù doanh nghiệp hoạt động ở bất kỳ hình thức nào thì vấn đề hiệu quả vẫn đợc đa lên hàng đầu trong quá trình phát triển, mà ở đây có thể là hiệu quả định lợng hay định tính.
Mặt khác, hiệu quả là điều kiện để doanh nghiệp tồn tại và phát triển, nó là cơ sở để doanh nghiệp tiếp tục tiến hành các hoạt động theo mục tiêu đề ra đồng thời cũng là cơ sở để doanh nghiệp có điều kiện ngày càng phát triển hơn nữa theo kịp tiến trình phát triển của cả nớc. Nếu nhiều năm liền Công ty không đạt đợc hiệu quả theo mục tiêu đề ra thì Công ty có thể bị giải thể cho nên dù muốn hay không thì vấn đề hiệu quả vẫn đợc đặt lên hàng đầu.
Mục tiêu bao trùm, lâu dài của mọi doanh nghiệp hoạt động kinh doanh là tối đa hoá lợi nhuận. Để thực hiện mục tiêu này, doanh nghiệp phải sản xuất sản phẩm (dịch vụ) cung cấp cho thị trờng. Để sản xuất phải sử dụng các nguồn lực sản xuất xã hội nhất định. Doanh nghiệp càng tiết kiệm sử dụng các nguồn lực này bao nhiêu sẽ càng có cơ hội để thu đợc nhiều lợi nhuận bấy nhiêu. Hiệu quả kinh doanh là phạm trù phản ánh tính tơng đối của việc sử dụng tiết kiệm các nguồn lực sản xuất xã hội nên là điều kiện để thực hiện mục tiêu bao trùm, lâu dài của doanh nghiệp. Hiệu quả kinh doanh càng cao càng phản ánh việc sử dụng tiết kiệm các nguồn lực sản xuất.Vì vậy, nâng cao hiệu quả là đòi hỏi khách quan để doanh nghiệp thực hiện mục tiêu bao trùm, lâu dài là tối đa hoá lợi nhuận.
Các Công ty KTCTTL là các doanh nghiệp hoạt động công ích, nguồn vốn của Công ty có thể từ ngân sách Nhà nớc, thu từ dân hoặc nguồn vốn tự có của Công ty. Do đó, Công ty luôn luôn phải đặt ra câu hỏi: “Làm sao để Công ty sử dụng nguồn vốn đó một cách hiệu quả nhất mà không lãng phí”. Vì thế, việc nâng cao hiệu quả hoạt động dịch vụ thủy nông là rất cần thiết đối với Công ty.
Bên cạnh đó, hiệu quả dịch vụ thủy nông còn xuất phát từ yêu cầu của ng- ời hởng lợi (ngời nông dân). Ngời nông dân trực tiếp hởng thụ hiệu quả do hoạt động dịch vụ thủy nông mang lại. Họ đợc hởng lợi đồng thời họ phải chịu trách nhiệm trở lại đối với Công ty. Ngời nông dân đánh giá hiệu quả dịch vụ thuỷ nông thông qua số lợng, chất lợng dịch vụ mà họ đợc hởng. Công ty và hộ dùng nớc phải có một bản hợp đồng ký kết về giá cả dịch vụ, thời gian hoàn thành, trách nhiệm, nghĩa vụ của Công ty và của ngời sử dụng dịch vụ. Nếu Công ty không làm tròn đợc trách nhiệm của mình thì ngời nông dân sẽ không ủng hộ và từ đó họ sẽ không thực hiện nghĩa vụ của mình đối với Công ty.
Vì thế, vấn đề đặt ra ở đây là Công ty muốn tồn tại và phát triển thì luôn luôn phải coi trọng vấn đề hiệu quả.