Hoạt động bảo tồn động, thực vật, nghiên cứu và phát triển du lịch đợc đẩy mạnh, trong tơng lai nó sẽ gây ảnh hởng đến môi trờng trên nhiều mặt:
+ Sự quá tải về lợng du khách cho nên cần mở rộng sức chứa do vậy tăng không gian du lịch bằng việc xây dựng đờng giao thông, khách sạn, nhà nghỉ và các cơ sở phục vụ khác gây ảnh hởng đến môi trờng không khí, nớc.
+ Lợng khách du lịch đông gây tác động tiêu cực đến các loại động vật hoang dã vì căng thẳng. Nhiên liệu củi đốt phục vụ cho hoạt động cắm trại và nghỉ đêm của du khách ảnh hởng đến lợng gỗ, lợng gen thực vật.
+ Hoạt động du lịch văn hoá - lịch sử tại Môn Sơn, Lục Dạ làm tăng lợng hàng hoá phục vụ nhu cầu lợng khách du lịch sẽ dẫn đến hậu quả thơng mại hoá các sản phẩm truyền thống làm ảnh hởng đến bản sắc văn hoá, truyền thống và các giá trị văn hoá đặc sắc, ảnh hởng đến môi trờng du lịch văn hoá.
+ Sự tò mò, hiếu kỳ của du khách đối với phong tục, tập quán lạ của ngời Đan Lai trong vờn quốc gia Pù Mát sẽ thu hút du khách đến đây nhng nếu 50 – 100 năm nữa khi tộc ngời này hoà nhập cộng đồng, trình độ văn hoá và nhận thức
của họ đợc nâng cao, nét đặc trng hoang dã sẽ mất, khi đó giá trị du lịch ở đây sẽ giảm sút, hoạt động du lịch bị trở ngại.
+ Sự ô nhiễm không khí sẽ tăng do hoạt động của các phơng tiện giao thông, các cơ sở hạ tầng đợc xây dựng, ô nhiễm tiếng ồn từ các phơng tiện giải trí gây ảnh hởng đến không gian sống của các loài động vật.
+ Hoạt động của khách làm tổn hại nhiều loại thực vật, giảm chu kỳ sinh sản của động vật.
Nh vậy, tại vờn quốc gia Pù Mát phải có quy hoạch tổng thể để phát triển du lịch hài hoà với bảo vệ môi trờng tự nhiên và tính bền vững của tài nguyên du lịch.
- ở suối khoáng nóng Giang Sơn.
+ Tác động ở đây thuộc phơng diện tác động của công trình du lịch nhân tạo. Các công trình xây dựng làm đảo lộn hệ sinh thái, tác động mạnh đến môi tr- ờng địa chất do hoạt động khoan lấy nớc khoáng trong lòng đất.
+ Các công trình xây dựng ảnh hởng đến môi trờng nớc: nếu hoạt động du lịch diễn ra mạnh mẽ thì lợng nớc cần thiết sẽ tăng gấp 1000 lần, nhng nguồn nớc cung cấp chỉ có thể lấy từ hai nơi là khoan từ lòng đất và đặt ống dẫn nớc từ sông Con. Nó sẽ gây ảnh hởng đến mực nớc ngầm tại Giang Sơn và ở sông Con vào mùa cạn.
+ Hồ Mộ Dạ là công trình thuỷ lợi cung cấp nớc tới ruộng cho 1/3 diện tích canh tác tại xã Giang Sơn nhng khi công trình du lịch đợc xây dựng lợng nớc đó cung cấp đó sẽ giảm, nguồn nớc bị ô nhiễm. Vào mùa khô khi hoạt động du lịch diễn ra mạnh, lợng nớc xả tăng gây ô nhiêm lợng nớc sinh hoạt của dân c.