- Về cải cách tiền lương: Hiện nay, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Đồng Nai đã phối hợp với cơ quan tài chính và kho bạc nhà nước cắt giảm nguồn
2.9.6.Quan hệ giữa cơ quan chủ quản với đơn vị sự nghiệp có thu
- Hiện nay, quan hệ giữa cơ quan chủ quản với ĐVSNCT xác lập quan hệ qua hình thức hợp đồng hay quyết định giao nhiệm vụ?
+ Với hình thức hợp đồng, 2 bên được bình đẳng trong giao kết, không còn quan hệ trên dưới; vậy không còn là đơn vị phụ thuộc.
+ Với hình thức quyết định giao nhiệm vụ để khẳng định quan hệ chủ quản - trực thuộc, khi đó, nếu thực hiện đúng thì dự toán chi sự nghiệp sẽ không còn giao cho sở chủ quản mà giao trực tiếp cho đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc tương ứng với nhiệm vụ được giao. Nhưng đơn vị sự nghiệp có thu khi thực hiện bị vướng mắc trong khâu thanh toán với Kho bạc.
- Một tồn tại bất cập hiện nay là cùng một nội dung công việc như nhau lại có sự khác nhau khi quan hệ với doanh nghiệp, đơn vị sự nghiệp có thu ngoài Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Đồng nai thì ký hợp đồng, khi quan hệ với đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc lại chuyển sang ra quyết định giao nhiệm vụ. Dẫn đến giá trị thực hiện giữa hợp đồng và giao nhiệm vụ hoàn toàn khác nhau do: Ký hợp đồng sẽ bao gồm thuế (giá trị gia tăng, thu nhập chịu thuế tính trước) và khấu hao tài sản, còn giao nhiệm vụ theo quy định sẽ không bao gồm các khoản trên.
- Các đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc Sở tài nguyên và Môi trường hiện nay được quyền ký hợp đồng với cơ quan quản lý nhà nước khác như: Ủy ban Nhân dân các huyện, các Sở ban ngành khác..., nhưng với cơ quan chủ quản quan hệ qua quyết định giao nhiệm vụ. Vậy cùng một nguồn vốn ngân sách, cùng một nội dung công việc nhưng sẽ quyết toán kinh phí khác nhau do chủ đầu tư khác nhau, điều này không hợp lý mà vẫn còn tồn tại. ví dụ: hiện nay quy hoạch sử dụng đất các phường, thị trấn chủ đầu tư là Sở Tài nguyên và Môi trường nên hình thức là quyết định giao nhiệm vụ không bao gồm thuế và chi phí khấu hao tài sản cố định; cũng quy hoạch sử dụng đất nhưng các xã nông thôn thì chủ đầu tư là UBND huyện nên hình thức ký kết hợp đồng và được tính toàn bộ các khoản chi phí.
- Hàng năm doanh thu của đơn vị sự nghiệp có thu bao gồm nguồn thu do nhà nước đặt hàng và nguồn thu dịch vụ. Các đơn vị thường cân đối các nguồn lực (kinh phí - lao động - trang, thiết bị) hiện có để nhận nhiệm vụ từ Sở. Nếu nhận càng nhiều nhiệm vụ đặt hàng của nhà nước thì hoạt động dịch vụ giảm, nguồn thu dịch vụ giảm và ngược lại. Trong thực tế đơn vị sự nghiệp không được lựa chọn mà
bắt buộc phải thực hiện nhiệm vụ do Sở Tài nguyên và Môi trường giao hàng năm và các nhiệm vụ giao đột xuất, cho dù công việc khó khăn và kém hấp dẫn hơn so với các hợp đồng dịch vụ. Đây cũng là một hiện tượng cần xem xét về những giới hạn của quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ trong mối quan hệ với quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính của đơn vị sự nghiệp có thu.