Việc quản lí ao nuôi thức chất là quản lí tảo trong ao. Tảocó ảnh hưởng có lợi trong ao nuôi bên cạnh sử dụng thức ăn thừa, giảm cường độ chiếu sáng, tạo ra oxy, ảnh hưởng đến pH, ổn định nhiệt độ, làm thức ăn cho tôm. Sự phát triển của tảo yêu cầu có ánh sánh, các chất dinh dưỡng. khi chúng phát triển mạnh sử dụng đạm và lân làm giảm tính độc của các hợp chất NH3, NO2, hạn chế tảo đáy phát triển ổn định độ trong tôm không bị sốc [8]. Trong nuôi tôm để duy trì màu nước ổn định tạo điều kiện cho tôm sinh trưởng tốt là rất khó. Màu nước trong ao nuôi tôm thường thay đổi theo sự phát triển của tảo trong ao nuôi. Khi tảo trong ao phát triển quá mạnh nước có màu của tảo đặc trưng của loài. Hiện tượng tảo tàn gây ra mất màu nước, nước trong, thành phần nước keo nhớt, ô nhiễm môi trường nước. Vào giai đoạn cuối vụ nuôi tảo phát triển mạnh và tàn lụi thường xuyên. Quá trình tàn lụi của tảo trong ao nuôi tôm xẩy ra đồng loạt hay kéo dài rải rác. Tôm sẽ sử dụng thức ăn kém, ao nuôi sẽ giảm làm lượng oxy vào khi tao tàn đồng loạt.
Để quản lý màu nước được ổn định cần có các biện pháp quản lý về thức ăn, độ kiềm, pH.
Trong các ao nuôi tôm tại cơ sở việc sử dụng phân giun để gây màu nước, bổ sung vào ao nuôi khi nghèo dinh dưỡng. Màu nước được duy trì lâu hơn ổn định, khả năng gây màu của phân giun rất nhanh hơn khi sử dụng các loại khác. Dùng 10 – 20kg/ 1000m2 phân giun. Có thể kết hợp với các loại vôi 10-15kg/1000m2 bón xuống ao tăng cường hệ đệm.