Là một công ty hoạt động trong lĩnh vực giao nhận vận tải nên chất lượng dịch vụ là yếu tố hàng đầu mà công ty phải quan tâm và thường xuyên nâng cao, đó cũng là một căn cứ giúp công ty giành được lòng tin của các khách hàng. Tuy nhiên, chất lượng dịch vụ của công ty hiện nay vẫn còn hạn chế chưa đáp ứng được hết nhu cầu của khách hàng. Đều là do công ty còn gặp phải một số tồn tại trong quá trình thực hiện hoạt động giao nhận vận tải của công ty.
+ Do công ty phải đi thuê phương tiện vận tải hoặc mua lại dịch vụ vận tải của các công ty khác nên chi phí giao nhận vận tải nhiều khi cao hơn so với các công ty cùng cung cấp dịch vụ
+ Vấn đề tiếp theo đó là tiến độ giao hàng cho khách hàng còn chậm, đây là một yếu tố mà các công ty hay gặp phải. Các yếu tố này thường xuất phát từ nhiều nguyên nhân chủ quan và nguyên nhân khách quan.
+ Đội ngũ cán bộ công nhân viên mặc dù liên tục được đào tạo và đào tạo lại nhưng vẫn chưa hội tụ được những kiến thức cần thiết để phục vụ tốt công tác giao nhận vận tải.
+ Hệ thống thông tin nội bộ chưa đảm bảo tính kịp thời gây ra sự thiếu liên kết giữa các khâu.
+ Công tác giao nhận vận tải còn chịu ảnh hưởng của tính thời vụ. Giao nhận và vận tải là những ngành kinh doanh phục vụ cho hoạt động xuất nhập khẩu. Do đó, hoạt động xuất nhập khẩu dao động cũng kéo theo sự dao động của hoạt động giao nhận vận tải. Đặc biệt là hai quý cuối năm hoạt động ngoại thương Việt Nam thường nhộn nhịp hơn hai quý đầu năm cho nên hoạt động giao nhận vận tải cũng có đặc điểm này.
+ Khó khăn lớn của công ty hiện nay đó là sự cạnh tranh gay gắt giữa các công ty và tổ chức cá nhân trong nền kinh tế nhiều thành phần cùng tham gia vào lĩnh vực giao nhận vận tải. Các doanh nghiệp giao nhận vận tải lớn như Nolfolk, Transimex… là những công ty có nhiều điều kiên, kinh nghiệm trong công tác giao nhận hàng hóa cùng với đội ngũ cán bộ lành nghề, biết tường tận nghiệp vụ xuất nhập khẩu và giao nhận hàng hóa là một lợi thế lớn. Đặc biệt, khi Việt Nam là thành viên của WTO thì các doanh nghiệp giao nhận vận tải đa phương thức nước ngoài vào kinh doanh với những lợi thế về quy mô và tài chính cũng như am hiều về luật pháp quốc tế và ở Việt Nam nói chung và công ty CPTM Vận Tải Và Du Lịch Hoàng Anh nói riêng.