Một số nớc lạc hậu trong ASEAN lo ngại rằng tham gia khu mậu dịch tự do không những không nâng cao sức cạnh tranh của mình mà ngợc lại còn bị lạc hậu hơn về kinh tế, sự phân hóa giữa hai cực càng nghiêm trọng, bởi lẽ:
Thứ nhất, những nớc này cho rằng sức sản xuất trong nớc không cao, một khi mở cửa thị trờng có thể sẽ bị tràn ngập bởi khối lợng lớn hàng xuất khẩu của các nớc có trình độ phát triển cao hơn, dẫn đến việc trở thành "thuộc địa kinh tế" của các nớc này. Do vậy, để bảo vệ lợi ích kinh tế của mình, một số nớc ASEAN sẽ gặp phải trở lực khá lớn trong việc giảm mức thuế và tiến trình thúc đẩy nhất thể hóa kinh tế khu vực.
Thứ hai, cùng với việc ký kết một FTA với Trung Quốc, các nớc ASEAN cũng không ngừng tìm kiếm các FTA song phơng khác nh FTA ASEAN – Nhật Bản, FTA ASEAN – ấn Độ, FTA Mỹ – Singapore, FTA Singpore – New Zealand, FTA Thái Lan – ấn Độ, FTA Thái Lan – UAE, … và nếu các nớc trong khối vẫn tiếp tục chạy đua ở cuộc chơi FTA nh vậy thì tiến trình thực hiện AFTA có thể bị đe doạ. Vì khi đạt đợc FTA, các nớc sẽ lo tới quyền lợi của mình với các nớc ngoài khối, còn việc thực hiện lộ trình giảm thuế chung trong ASEAN sẽ bị xếp xuống hàng thứ yếu, làm cho hố sâu về hoà nhập tự do thơng mại giữa các nớc ASEAN ngày càng lớn dần. Nếu ASEAN có khoảng 5 FTA nh vậy thì sẽ dẫn tới sự ra đời các “tiểu vùng kinh tế” trong khu vực và tình trạng cạnh tranh cục bộ là chắc chắn. Khi đó, AFTA sẽ chỉ là cái “vỏ bọc” của những FTA riêng biệt.