Mặc dù nhà Minh sau khi diệt nhà Hồ, tuyên bố là "con cháu họ Trần không còn ai nữa" nhưng trên thực tế, các tôn thất nhà Trần vẫn tìm cách tập hợp lại, nổi lên chống ách đô hộ của quân Minh. Tiêu biểu là hai cuộc khởi nghĩa của Trần Ngỗi và Trần Quý Khoáng, sử cũ gọi là "nhà Hậu Trần".
Trần Ngỗi (còn gọi là Trần Quỹ) là con thứ vua Trần Nghệ Tông, năm 1407, nổi lên khởi nghĩa ở Yên Mô (Ninh Bình) được suy tôn là Giản Định Đế. Đông đảo dân chúng và các quý tộc Đại Việt cũ đã hưởng ứng đi theo, trong đó có những tướng giỏi như Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Chân. Sau khi giải phóng vùng đất Thanh - Nghệ rộng lơn, nghĩa quân tiên ra Bắc, đại thắng quân Minh trong trận Bô Cô (Ý Yên, Nam Định tháng 12-1408) diệt 10 vạn địch. Tướng giặc Mộc Thạnh phải chạy trốn về thành Cổ Lộng. Uy thế khởi nghĩa tăng lên nhanh chóng.
Tuy nhiên, khởi nghĩa không duy trì được lâu. Ngay sau đó, nội bộ các tướng lĩnh bị chia rẽ nghiêm trọng. Các tướng Đặng Tất, Nguyễn Cảnh Chân đã bị sát hại (1409), lực lượng nghĩa quân suy yếu. Trương Phụ và Mộc Thành tập trung tấn công, nghĩa quân phải lui về Nghệ An, sau đó Trần Ngỗi bị bắt. Lực lượng còn lại sáp nhập vào khởi nghĩa của Trần Quý Khoáng.
Trần Quý Khoáng là cháu Trần Nghệ Tông tiếp tục khởi nghĩa (1409), xưng là Trùng Quang Đế, được đông đảo nhân dân ủng hộ. Các con của Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Chân là Đặng Dung và Nguyễn Cảnh Dị cũng theo về. Nghĩa quân kiểm soát được vùng Thanh- Nghệ và Thuận- Quảng, có lần tiến ra tới Bình Than (Hải Dương). Viện binh địch của Trương Phụ tăng cường đàn áp, Nguyễn Biểu nêu gương bất khuất, anh dũng hy sinh (1413). Sau đó, nghĩa quân đã thất bại ở Ái Tử (Quảng Trị). khởi nghĩa tan rã. Các lãnh tụ đều bị bắt và bị giết. Những cuộc khởi nghĩa chống Minh của nhà Hậu Trần thất bại, vì nó đã diễn ra lẻ tẻ, rời rạc, thiếu phối hợp và thiếu đoàn kết. Nó đánh dấu sự suy tàn và bất lực của tầng lớp quý tộc họ Trần trước những đòi hỏi mới của lịch sử.
Cũng trong thời thuộc Minh, đã có nhiều hình thức đấu tranh khác chống lại ách đô hộ. Đông đảo giới sĩ phu đã có thái độ phản kháng, bất hợp tác với địch. Lúc đó, đã có câu truyền miệng :
“Muốn sống ẩn vào rừng núi, muốn chết làm quan triều Minh". Nguyễn Phi Khanh khảng khái dặn Nguyễn Trãi báo đền nợ nước. Lê Cảnh Tuân viết "Vạn ngôn thư” gửi Thổ quan Bùi Bá Kỳ, khuyên nên tỉnh ngộ, rời bỏ hàng ngũ giặc. Quân Minh đã nhận xét về tầng lớp ngụy quan : “ Đầu mục ở Giao Chỉ có kẻ hàng rồi lại phản,ăn ở hai lòng... ".
Ở miền núi thuộc Bắc Cạn, Thái Nguyên, Tuyên Quang, Nghệ An có phong trào "nghĩa quân áo đỏ" của các tộc người thiểu số chống lại giặc Minh, kéo dài trong nhiều năm. Ngoài ra, có phong trào nổi dậy ở các miền biển như Hải Phòng, Đồ Sơn, Quảng Ninh với Lê Ngã (nguồn gốc gia nô) hay Phạm Ngọc (xuất thân nhà sư). Giặc Minh thú nhận "Người Giao Chỉ- giặc cướp nổi lên như ong, mỗi khi nghe giặc nổi lên là cùng nhau hưởng ứng…tan rồi lại hợp”.
Phong trào đấu tranh chống Minh với nhiều hình thức là một phong trào quần chúng , đông đảo rộng kháp, đã phối hợp và dọn đường cho khởi nghĩa Lam Sơn.
2. Lê Lợi dựng cờ khởi nghĩa ở Lam Sơn, xây dựng và bảo vệ căn cư địa vùng rừng núi Thanh Hóa (1418 - 1423)