Kết quả của dự án trong thời hạn cho vay thường được quan tâm nhiều hơn là kết quả của cả đời dự án vì vậy việc thẩm định đã không phản ánh đầy đủ hiệu quả của dự án. Dù biết rằng nếu được trả đủ nợ trong thời hạn cho vay thì Ngân hàng cũng như các bên tham gia không cần tiếp tục quan tâm tới dự án nữa, nhưng khi thẩm
định Ngân hàng vẫn chưa chắc chắn liệu mình có được trả nợ đúng hạn hay không, thế nên cần xem xét đầy đủ hiệu quả của dự án vì đây là cơ sở tốt nhất để đánh giá độ an toàn cho khoản vay.
Việc xác định sản lượng để tính doanh thu và chi phí hàng năm của dự án tuy đã xem xét đến các yếu tố thị trường, tính cạnh tranh của sản phẩm và so sánh với các sản phẩm tương tự nhưng vẫn còn mang tính ước lượng chủ quan, chưa có một phương pháp phân tích định lượng hay một phương pháp toán học thống kê nào để xác định một cách chính xác, khoa học.
Giá bán sản phẩm thường được tính cố định trong suốt thời gian hoạt động của dự án (Dự án Xi măng Chinfon Hải Phòng, dự án thuỷ điện Pleikrông) là chưa hợp lý mà cần phải dự báo được cung cầu thị trường trong thời gian dự án hoạt động để dự tính giá bán sát với giá thị trường. Một số dự án đã tính đến yếu tố trượt giá, lạm phát nhưng nhiều dự án còn chưa quan tâm tới các yếu tố này.
Doanh thu để tính hiệu quả tài chính mới chỉ gồm doanh thu do tiêu thụ sản phẩm chính chứ chưa tính đến doanh thu do tiêu thụ sản phẩm phụ. Điều này dẫn đến kết quả tính toán thiếu chính xác, thiếu khoa học.
Về các khoản mục chi phí, việc tính toán nhiều khi mới đảm bảo đầy đủ các khoản mục nhưng chưa đảm bảo tính chính xác hợp lý của các khoản mục, chưa thực sự gắn với đặc thù của từng lĩnh vực, từng dự án cụ thể.
Khoản thu hồi vốn lưu động ròng và giá trị thanh lý tài sản cố định đôi khi vẫn còn bị bỏ sót (dự án thuỷ điện Pleikrông). Tuy không phải tất cả nhưng một số dự án trong cơ cấu tổng vốn đầu tư có vốn lưu động nhưng khi tính toán nguồn thu nhập của dự án lại bỏ sót khoản thu hồi này và giá trị thanh lý tài sản cố định cuối đời dự án. Do vậy hiệu quả tài chính của dự án được đánh giá chưa đầy đủ và còn thiếu chính xác (Trung tâm phân phối khí Phú Mỹ).