Bên cạnh một số thành quả đáng khích lệ, chính sách thuế giai đoạn 2001- 2005 còn có nhiều tồn tại làm hạn chế tác dụng của công cụ thuế. Trước hết, tồn tại của hệ thống chính sách thuế giai đoạn này là còn phức tạp, chưa rõ ràng, chưa phù hợp với trình độ và điều kiện của người thu thuế và người nộp thuế, chưa thực sự
tạo điều kiện thuận lợi cho đầu tư phát triển sản xuất kinh doanh. Chính sách thuế
cũng chưa khuyến khích, hướng dòng vốn đầu tư vào những ngành công nghiệp then chốt.
Thứ hai, các chính sách thuế cụ thể được ban hành còn tách rời nhau, chưa gắn bó hỗ trợ nhau để phát huy tác dụng đồng bộ của cả hệ thống chính sách thuế. Thuế doanh thu bị trùng lặp, chồng chéo qua các khâu, gây áp lực đẩy giá lên cao,
ảnh hưởng đến người tiêu dùng và tăng gánh nặng cho sản xuất. Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu còn bộc lộ nhiều tồn tại. Thuế suất dàn trải quá rộng. Thuế xuất khẩu có 11 mức từ 0% đến 45%, thuế nhập khẩu có 36 mức cho hơn 3000 mã nhóm hàng với mức thuế từ 0% đến 150% làm cho cơ cấu thuế trở nên phức tạp. Trong đó có hơn 50% mặt hàng chịu thuế thấp hơn 5% làm cho kết quả thu ngân sách bị hạn chế. Thuế suất cao và quá cao đánh vào một số mặt hàng trong nước chưa sản xuất
được hoặc sản xuất chưa hiệu quả, chưa thoả mãn nhu cầu trong nước làm gia tăng buôn lậu và gian lận thương mại.
Thứ ba, một số quy định về miễn giảm thuế của các sắc thuế không rõ ràng và cụ thể, đôi khi bị áp dụng tuỳ tiện, tạo điều kiện phát sinh các tiêu cực. Việc thực thi các chính sách thuế còn tình trạng phân biệt đối xử, chưa đảm bảo tính bình
Trong thời gian qua, Luật thuế giá trị gia tăng đã khuyến khích mạnh mẽ
xuất khẩu. Hàng hoá xuất khẩu không phải đóng thuế giá trị gia tăng mà còn được khấu trừ thuếđầu vào. Ngoài ra, luật thuế giá trị gia tăng còn giúp quản lý thuế chặt chẽ, tạo ra cơ chế kiểm soát từ xã hội về số thuế nộp cho Nhà nước.
Quốc hội đã thông qua một số luật thuế sửa đổi, bổ sung các Luật thuế giá trị
gia tăng, Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, Luật thuế tiêu thụđặc biệt. Điểm nổi bật của Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi là giảm số mức thuế suất từ 4 mức xuống còn 3 mức là 0%, 5%, 10%, bỏ quy định khấu trừ khống, quy định điều kiện thanh toán qua ngân hàng là điều kiện bắt buộc khi xem xét hoàn thuế đầu vào đối với hàng hoá xuất khẩu, bổ sung một số mặt hàng vào diện chịu thuế giá trị gia tăng và bổ
sung một số mặt hàng vào diện không chịu thuế giá trị gia tăng.
Thực hiện áp dụng chung về mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp với mức thuế suất cơ bản là 28% thống nhất cho cả doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, tăng mức khống chế các khoản chi phí quảng cáo, tiếp thị, khuyến mãi của doanh nghiệp từ 5% hoặt 7% lên 10%. Riêng các doanh nghiệp đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệđều được miễn hoặc giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho phần thu nhập tăng thêm do đầu tư này mang lại.
Cải cách chính sách thuế trong thời gian qua đã góp phần tích cực vào việc khai thác các tiềm năng về vốn trong nền kinh tếđể đầu tư phát triển sản xuất kinh doanh. Đến nay, đã hình thành một hệ thống chính sách thuế tương đối đầy đủ, hợp lý áp dụng thống nhất và bình đẳng với mọi thành phần kinh tế, mọi loại hình doanh nghiệp, không phân biệt nguồn vốn chủ sở hữu. Hệ thống thuế Việt Nam đã từng bước tiến đến sự tương đồng với thông lệ quốc tế, đáp ứng được chính sách phát triển kinh tếđối ngoại trong thời kỳđổi mới.
Tuy nhiên, chính sách thuế nhập khẩu của Việt Nam trong quá trình hội nhập sẽ gặp khó khăn do mâu thuẫn giữa bảo hộ công nghiệp nội địa và nâng cao sức cạnh tranh hàng công nghiệp Việt Nam. Sức cạnh tranh của sản phẩm công nghiệp Việt Nam còn hạn chế. Nếu không bảo hộ thì công nghiệp nội địa sẽ không phát
triển được vì không đủ sức cạnh tranh với hàng ngoại. Nếu tiếp tục bảo hộ ngành công nghiệp nội địa thì chính các ngành này sẽ mất dần khả năng cạnh tranh. Làm thế nào để vừa nuôi dưỡng, vừa nâng cao khả năng cạnh tranh của những ngành công nghiệp non trẻđể đáp ứng đòi hỏi cạnh tranh trong thời gian hội nhập sắp tới thực sự là một thách thức. Mặt khác, thuế nhập khẩu được phân loại dựa vào công dụng đã tạo ra kẽ hở cho gian lận và tiêu cực.
Bên cạnh đó, chính sách thuế giá trị gia tăng hiện nay vẫn còn một số điểm cần tiếp tục hoàn thiện. Thuế giá trị gia tăng được kê khai theo hai phương pháp (phương pháp trực tiếp và phương pháp khấu trừ) và còn nhiều mức thuế suất làm cho việc kê khai, khấu trừ, quyết toán thuế, quản lý thuế rất phức tạp. Mặt khác, quy
định về thanh toán qua ngân hàng đối với hàng xuất khẩu là chưa phù hợp với điều kiện thực tiễn ở Việt Nam. Ngoài ra, một trong những tồn tại lớn của ngành thuế
hiện nay là chưa có đủ các điều kiện cần thiết để đảm bảo tính khả thi của chính sách thuế, đặc biệt là về công tác quản lý theo dõi báo cáo thuế, thu thuế, công tác quản lý đội ngũ cán bộ ngành thuế,….