Để đánh giá về rủi ro kiểm soát trên phương diện báo cáo tài chính, kiểm toán viên dựa vào việc đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ.Dựa vào các câu trả lời trên “Bảng câu hỏi đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ”, Kiểm toán viên sẽ đánh giá được Hệ thống Kiểm soát nội bộ là khá, trung bình, yếu từ đó xác định Rủi ro kiểm soát là thấp, trung bình, cao. Việc đánh giá rủi ro kiểm soát cho toàn bộ báo cáo tài chính vẫn mang tính xét đoán và dựa vào kinh nghiệm nghề nghiệp của kiểm toán viên.
Các câu hỏi để đánh giá Hệ thống Kiểm soát nội bộ được thiết kế cho từng yếu tố ảnh hưởng đến tính hoạt động hiệu quả của hệ thống kiểm soát nội bộ : Môi trường kiểm soát, hệ thống kế toán, các thủ tục kiểm soát, bộ phận kiểm toán nội bộ.
Môi trường kiểm soát
Kiểm toán viên phải thu thập các thông tin, tài liệu như: Biên bản cuộc họp Hội đồng quản trị, các văn bản quy định cơ cấu tổ chức, nhiệm vụ chức năng, quyền hạn của các cá nhân quan trọng trong công ty, các nội quy, quy định được áp dụng trong Công ty ,
các kế hoạch dự toán được lập , các thủ tục phê chuẩn, văn bản qui định tổ chức công tác kế toán, các văn bản qui định sự kiểm soát của cơ quan Nhà Nước đối với công ty… Ngoài ra, Kiểm toán viên còn tiến hành phỏng vấn Hội đồng quản trị, Ban giám đốc, kế toán trưởng, các nhân vật quan trọng, quan sát các hoạt động và quá trình hoạt động…
Kết hợp với bảng câu hỏi đánh giá môi trường kiểm soát và dựa vào kinh nghiệm nghề nghiệp của mình, kiểm toán viên đưa ra đánh giá về môi trương kiểm soát
Hệ thống kế toán
Kiểm toán viên cần xem xét đến chính sách kế toán và những thay đổi trong việc áp dụng các chính sách đó.
Các thủ tục kiểm soát
Các thủ tục kiểm soát là các chính sách, thủ tục về hoạt động kiểm soát mà Ban giám đốc thiết lập nên nhằm hạn chế tối đa các rủi ro khiến cho đơn vị không đạt được mục tiêu của mình. Quá trình tìm hiểu các thủ tục kiểm soát sẽ giúp kiểm toán viên đánh giá được hệ thống kiểm soát nội bộ về mặt thiết kế và vận hành. Xem xét các thủ tục kiểm soát trong bước này, kiểm toán viên trả lời các câu hỏi trong bảng đánh giá các thủ tục kiểm soát, chủ yếu tập trung vào các nguyên tắc thiết kế thủ tục kiểm soát..
Bộ phận kiểm toán nội bộ: Đây là một yếu tố quan trọng để đánh giá rủi ro kiểm soát của đơn vị khách hàng.