Thanh toỏn vốn chớnh là một khõu quan trọng để kiểm soỏt việc thực hiện chi vốn ngõn sỏch. Chất lượng của khõu thanh toỏn vốn phụ thuộc vào:
- Chất lượng khõu lập dự toỏn ban đầu
- Tỡnh hỡnh thực hiện thi cụng và hoàn thành khối lượng cụng trỡnh theo tiến độ của đơn vị.
- Chất lượng hệ thống thanh toỏn vốn của cơ quan tài chớnh và Kho bạc Nhà nước.
Hạn chế lớn nhất của khõu thanh toỏn vốn hiện nay là việc giải ngõn chậm, chi ngõn sỏch bị dồn vào cuối năm.
Để đẩy nhanh tiến độ thi cụng hoàn thành cụng trỡnh của cỏc đơn vị, Sở Tài chớnh – Vật giỏ cần phối hợp với đơn vị chủ quản và cỏc cơ quan cú thẩm quyền đụn đốc cỏc đơn vị tiến hành thực hiện vốn đó được bố trớ theo kế hoạch, khắc phục tỡnh trạng kế hoạch, khắc phục tỡnh trạng kế hoạch vốn đó giao mà khụng được chi hoặc tỷ lệ thực hiện kế hoạch quỏ thấp, hoặc việc dồn cỏc khoản chi vào cuối năm, ảnh hưởng đến tiến độ cụng trỡnh và gõy khú khăn cho cụng tỏc quyết toỏn của cơ quan tài chớnh.
Về phần mỡnh, cơ quan quản lý thanh toỏn (kho bạc) cần kết hợp chặt chẽ với cơ quan quản lý cấp phỏt (Sở Tài chớnh), thực hiện nhanh chúng việc
chuyển vốn, thanh toỏn vốn cho cỏc đơn vị cú đầy đủ hồ sơ thanh toỏn, hướng dẫn cho cỏc đơn vị cũn thiếu, tạo điều kiện thuận lợi cho việc giải ngõn cỏc cụng trỡnh. Đồng thời, hai cơ quan này cần tăng cường chế độ thụng tin bỏo cỏo lẫn nhau để kiểm soỏt cỏc khoản chi, giỏm sỏt tiến độ và khối lượng thanh toỏn vốn, từ đú kịp thời đốc thỳc và phỏt hiện cỏc sai sút.
Hiện nay, theo quy định mới của Luật Ngõn sỏch 2002, Nghị định số 10/2002/NĐ - CP ngày 16/01/2002 của Chớnh phủ về cơ chế tài chớnh cho cỏc đơn vị sự nghiệp cú thu, Quyết định số 192/2001/QĐ - TTg ngày 17/12/2001 về việc mở rộng thớ điểm khoỏn biờn chế và kinh phớ quản lý hành chớnh, hạn mức kinh phớ hoặc số kinh phớ khoỏn của cỏc cơ quan đơn vị nếu chi khụng hết (do tiết kiệm hoặc tăng thu) và kinh phớ chi hoạt động thường xuyờn, khoản thu sự nghiệp (đối với đơn vị sự nghiệp cú thu). Chi đõu tư XDCB cơ bản khụng ỏp dụng quy định này.
Đối với chi vốn sự nghiệp cú tớnh chất đầu tư XD, quy định tương tự cú thể cú tỏc dụng. Tuy nhiờn cần lưu ý điểm khỏc biệt. Hai quy định nờu trờn là nhằm khuyến khớch cỏc cơ quan hành chớnh và đơn vị sự nghiệp tiết kiệm chi quản lý hành chớnh và tăng thu, vỡ vậy cũn cú quy định cho phộp cỏc cơ quan đơn vị này sử dụng một phần kinh phớ dụi ra để tăng lương và đầu tư tăng cường cơ sở vật chất. Đối với vốn sự nghiệp cú tớnh chất đầu tư XD, chỉ được dựng vào mục đớch duy nhất là chi cho cụng trỡnh, dự ỏn đang thực hiện và việc cho phộp chuyển hạn mức thừa sang năm sau chỉ là giải phỏp tỡnh thế cho cỏc đơn vị do điều kiện khỏch quan khụng thực hiện tốt kế hoạch vốn đó giao. Vỡ vậy để trỏnh tỡnh trạng bị lạm dụng cần phải kốm theo những quy định chặt chẽ hơn. Vớ dụ cú giải trỡnh về nguyờn nhõn khụng thực hiện đỳng kế hoạch, vốn chuyển sang năm sau phải được thực hiện xong trong một thời gian nhất định.