1) Giám đốc
3) Các tổ chuyên môn nghiệp vụ
a) Tổ tín dụng
b) Tổ kế toán - ngân quỹ
Đối với các chi nhánh mới đi vào hoạt động căn cứ vào tình hình thực tế, theo nội dung trình của giám đốc chi nhánh cấp 1, Tổng giám đốc NHNo&PTNN Việt Nam sẽ xem xét quyết định cơ cấu tổ chức bộ máy phù hợp với từng cấp chi nhánh.
Phòng kế toán ngân quỹ thuộc chi nhánh cấp 1 và chi nhánh cấp 2 có con dấu riêng được dùng trong giao dịch hoạt động nghiệp vụ theo quy định.
Phòng chuyên môn nghiệp vụ tại chi nhánh cấp 1 thì tuỳ theo quy mô, địa bàn hoạt động và số lượng chi nhánh phụ thuộc, Giám đốc chi nhánh cấp 1 được quyết định mô hình tổ chức cho phù hợp: Có thể nhập một số phòng (tổ) có tính chất tương đồng thành một phòng nghiệp vụ như nhập phòng Nguồn vốn và kế hoạch tổng hợp với phòng Tín dụng lấy tên phòng Kế hoạch kinh doanh; phòng vi tính với phòng kế toán - ngân quỹ lấy tên phòng Kế toán ngân quỹ
Đối với cơ cấu tổ chức của chi nhánh cấp 2, tuỳ thuộc vào quy mô, địa bàn
hoạt động của chi nhánh cấp2 giám đốc chinh nhánh cấp 1 có thể chỉ thành
lập 2 tổ nghiệp vụ gồm: Tổ tín dụng và tổ kế toán ngân quỹ.
Các phòng chuyên môn nghiệp vụ của chi nhánh cấp 1 vừa trực tiếp thực hiện huy động vốn, cho vay đối với khách hàng đảm bảo đủ thu nhập trang trải chi phí theo quy định của NHNo&PTNN Việt Nam, vừa có nhiệm vụ chỉ đạo nghiệp vụ, trực tiếp kiểm tra, kiểm soát các hoạt động nghiệp vụ trên tất cả các lĩnh vực tại chi nhánh cấp 2, chi nhánh cấp 3, phòng giao dịch trên địa bàn được quản lý.
Cụ thể nhiệm vụ của phòng chuyên môn nghiệp vụ thuộc cơ cấu tổ chức của chi nhánh cấp 1, chi nhánh cấp 2, chi nhánh cấp 3 trên địa bàn do giám đốc chi nhánh cấp 1 quy định.
Phòng giao dịch hoạt động theo quy chế tổ chức và hoạt động của phòng Giao dịch ban hành kèm theo Quyết định số 439/QĐ/HĐQT- TCCB ngày 22/11/2001 của hội đồng quản trị NHNo&PTNN Việt Nam và Quyết định số 597/QĐ/NHNo- TCCB ngày 28/6/2002 của tổng giám đốc Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam.