Sông, suối là nguồn tiếp nhận và vận chuyển các chất ô nhiễm trong nước mặt. Chất lượng nước mặt có liên quan mật thiết với điều kiện môi trường và loại hình sử dụng đất trong lĩnh vực sông.
Sự thay đổi cấu trúc lòng sông, thảm thực vật hai bên bờ sông, khả năng thoát lũ, dòng chảy và môi trường sống của sinh vật cũng gây ảnh hưởng tới chất lượng nước.
Nước thải chứa hàm lượng chất hữu cơ có thể thuận lợi cho thực vật phát triển nhưng nếu vượt quá sẽ gây hiện tượng phú dưỡng, làm giảm lượng ô xy trong nước, các loài thủy sinh bị thiếu ô xy dẫn đến một số loài bị chết hàng loạt.
chất trong nước sẽ tác động đến động thực vật thủy sinh và dần đi vào chuỗi thức ăn trong tự nhiên.
Ở LVS Cầu, việc dùng hóa chất trong tuyển rửa khoáng sản gây ô nhiễm các chất độc hại, đã ảnh hưởng tới chất lượng nước sông. Tại khu vực các mỏ, hàm lượng thiếc và chì trong nước sông cao. Lượng nước thải từ các mỏ than khá lớn lại chứa nhiều bụi sét và bụi than đã gây ô nhiễm nước mặt và ô nhiễm đất canh tác quanh khu vực mỏ. Thêm vào đó, các mỏ than, moong khai thác lộ thiên thường nằm thấp hơn mực nước ngầm nên đã là hạ sâu mực nước và suy giảm trữ lượng nước ngầm quanh khu vực mỏ.
Trước năm 2005, ở một số đoạn sông, đặc biệt là sông Ngũ Huyện Khê, các chất hữu cơ và nhiều hóa chất độc hại nguy hiểm có trong nước sông đã khiến nước sông không còn dùng để ăn uống, tắm giặt, thậm chí các loài thủy sinh vật cũng không thể tồn tại.