Sự đa dạng di truyền của các dòng phân lập nấm R.solani đƣợc khảo sát bằng phản ứng RAPD với 3 primer OPM-13, OPL-05, OPL-08. Sản phẩm của phản ứng đƣợc điện di trên gel agarose 2%. Các đoạn DNA có cùng trọng lƣợng phân tử sẽ di chuyển đến cùng một vị trí trên gel. Sự khác biệt giữa các dòng nấm đƣợc thể hiện bằng sự khác biệt về số lƣợng và vị trí của các băng DNA trên gel
Hình 4.6. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của 17 dòng phân lập nấm R.solani với primer OPM-13. 1: L31, 2: L38, 3: L50, 4:L54, 5: L55, 6: L56, 7: L58, 8: L59, 9:
L61, 10:L63, 11: L64, 12: L651, 13: L66, 14: L72, 15: L75, 16 : L781, 17: L79
Hình 4.7. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của 17 dòng nấm R.solani với primer OPL - 05. 1: L31, 2: L38, 3: L50, 4:L54, 5: L55, 6: L56, 7:ladder, 8: L58, 9: L59, 10: L61, 11: L63, 12: L64, 13: L651, 14: L66, 15: L72, 16 : L75, 17: L781, 18: L79
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
Hình 4.8. Ảnh điện di sản phẩm RAPD của 17 dòng nấm R.solani với primer OPL - 08. 1: L31, 2: L38, 3: L50, 4:L54, 5: L55, 6: L56, 7: L58, 8: L59, 9: ladder, 10: L61, 11: L63, 12: L64, 13: L651, 14: L66, 15: L72, 16 : L75, 17: L781, 18: L79
Hình 4.6, 4.7 và 4.8 cho thấy cả 3 primer đều bắt cặp và cho ra những sản phẩm khá tốt với DNA của các dòng nấm R.solani. Với 2 primer OPL-08 và OPL- 05, sản phẩm RAPD tạo ra nhiều băng và đa số là các băng đa hình và chỉ có một băng đồng hình (primer OPM-13). Các băng này có kích thƣớc từ 100 đến 2000 bp. Đối với primer OPM-13, số băng không nhiều và nhỏ ( 100 đến 800 bp) nhƣng hầu hết là các băng đa hình.
Qua hình 4.6, 4.7, và 4.8 ngoài các băng rõ còn có một số băng bị mờ hoặc hình điện di bị nhoè không rõ băng. Điều này có thể là do quá trình điện di không tốt làm cho băng tách không rõ. Cũng có thể là do điện cực bị cong. Ngoài ra, các băng mờ còn có thể do thao tác PCR không tốt hoặc qui trình chƣa phù hợp làm giảm lƣợng sản phẩm. Ngoài ra, sự tƣơng quan giữa nồng độ của các chất trong hỗn hợp phản ứng chƣa thật sự phù hợp hoàn toàn với nhau và với từng primer khác nhau cũng là nguyên nhân quan trọng làm sản phẩm RAPD không đƣợc tốt.
Primer OPM-13 chỉ cho tối đa 5 băng sản phẩm (hình 4.6). Đây là primer cho sản phẩm có số băng ít nhất trong 3 primer đƣợc sử dụng. Tuy nhiên, các băng sản phẩm hầu nhƣ đều đa hình, chỉ có 1 băng đồng hình khoảng 300bp. Có 3 dòng nấm L61, L66 và L72 chỉ cho có 2 băng : 1 băng đồng hình và 1 băng đa hình. Điều này có thể là do đặc điểm di truyền của các dòng nấm làm hạn chế sự bắt cặp. Tuy vậy, 3 băng đa hình của 3 dòng nấm này có kích thƣớc khác nhau nên vẫn phân biệt đƣợc 3 dòng nấm này với nhau và với các dòng nấm khác trong đƣợc nghiên cứu trong khoá luận này. Băng sản phẩm lớn nhất 800bp chỉ xụất hiện duy nhất ở dòng nấm L64. Do đó có thể tiếp tục nghiên cứu primer này nhƣ chỉ thị phân tử cho các dòng nấm L61, L64, L66 và L72.
Primer OPL-05 cho ra nhiều băng sản phẩm hơn trên các dòng nấm (hình 4.7). Cao nhất là 10 băng. Với primer này cũng không có dòng nấm nào cho sản
phẩm RAPD giống nhau và tất cả các băng đều đa hình. Các băng do primer này tạo ra có kích thƣớc khá lớn ( khoảng 250 bp đến 2 kb).
Primer OPL-08 cho 11 băng sản phẩm, kích thƣớc khoảng 150 bp đến 1500bp (hình 4.8). Tất cả các băng đều là đa hình. Dòng nấm L61 chỉ cho 2 băng 350 bp và 550 bp, do đó có thể dễ dàng phân biệt dòng nấm này với 16 dòng nấm còn lại. Các dòng nấm L55, L56 và L58 có sản phẩm RAPD hoàn toàn giống nhau. Điều đó này cho thấy primer OPL-08 không thích hợp làm chỉ thị để phân biệt 3 dòng nấm này.