Màng lưới tổ chức của Chi nhành NHCSXH TP Hà Nội bao gồm: * Hội sở Thành phố tại 31 Ngô Thì Nhậm
* 12 Phòng giao dịch NHCSXH quận, huyện trực thuộc * 2 Quỹ Tiết kiệm.
Mô hình tổ chức của NHCSXH Hà Nội do 4 bộ phận hợp thành, huy động sức mạnh tổng hợp của cả bộ máy chính trị, xã hội và sức mạnh của toàn dân, chung sức, chung lòng thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia về xoá đói giảm nghèo. Cụ thể là:
Một là: Bộ phận làm nhiệm vụ quản lý do Ban đại diện Hội đồng quản trị điều hành. BĐD HĐQT Chi nhánh Hà Nội và các quận, huyện đã được thành lập với cơ cấu các Thành viên và tổ chức hoạt động theo đúng quy chế hoạt động của BĐD HĐQT ban hành tại QĐ 162/QĐ – HĐQT ngày 17/4/2003 của Chủ tịch HĐQT NHCSXH. Nhiệm vụ của BĐD HĐQT các cấp là tham gia hoạch định chính sách nguồn vốn, chính sách đầu tư và giám sát việc thực hiện các chính sách, nhằm đảm bảo nguồn lực của Nhà nước được sử dụng có hiệu quả.
Hai là: Bộ phận điều hành bao gồm: ban Giám đốc, và các phòng chuyên môn có trách nhiệm tổ chức thực hiện việc quản lý vốn, đưa vốn tín dụng kịp thời đến đối tượng thụ hưởng, đào tạo tay nghề cho cán bộ và hướng dẫn các đối tượng vay vốn thực hiện các chính sách tín dụng của Chính phủ.
Ba là: Các tổ chức chính trị - xã hội làm dịch vụ uỷ thác từng phần cho
NHCSXH có nhiệm vụ chính là cầu nối giữa Nhà nước với nhân dân thông qua tổ chức thành lập và chỉ đạo hoạt động của các Tổ tiết kiệm và vay vốn tại cơ sở, có đủ điều kiện trực tiếp làm dịch vụ uỷ thác tín dụng đến khách hàng
Bốn là: Tổ Tiết kiệm và vay vốn ở thôn, ấp, bản, làng do các tổ chức chính trị - xã hội chỉ đạo xây dựng và quản lý được giao nhiệm vụ chính là huy động tiền gửi tiết kiệm của các thành viên để lập quỹ tự lực của Tổ, cam kết sử dụng vốn vay có hiệu quả và kiểm tra, giám sát Tổ viên sử dụng vốn vay đúng mục đích.