màng não mủ
Gene 16S rRNA của các vi khuẩn thuộc nhóm Eubacteria có những vùng bảo tồn cao ở cấp độ nhóm, xen kẽ với các vùng biến động khác nhau giữa các loài trong nhóm. Do đó, những trình tự này rất phù hợp với mục đích thiết kế mồi nhằm phát hiện sự hiện diện của vi khuẩn và các kỹ thuật chẩn đoán dựa vào kỹ thuật PCR ngày càng đƣợc phát triển với mục đích tăng độ nhạy của phản ứng.
Năm 1994, Radstrom và các cộng sự đã đề ra phƣơng án sử dụng cặp mồi u3 và ru8 để nhân bản vùng trình tự bảo tồn trên gene 16S rRNA trong bƣớc đầu và sử dụng
mồi ru8 với các mồi đặc hiệu cho từng loài vi khuẩn để nhân bản vùng trình tự đặc biệt của mỗi loài trong bƣớc 2. Kỹ thuật tiếp tục đƣợc nhóm nghiên cứu phát triển (năm 1998) để phát hiện đồng thời các chủng vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ trong dịch não tủy nhƣ Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae và Listeria monocytogenes.
Cũng vào năm 1994, Greisen và các cộng sự công bố công trình nghiên cứu những mồi và mẫu dò cho gene 16S rRNA của hầu hết các loài vi khuẩn gây bệnh, bao gồm vi khuẩn tìm thấy trong dịch não tủy. Đầu tiên là sự nhân bản vùng trình tự bảo tồn trên gene 16S rRNA bằng phƣơng pháp PCR. Sau đó sử dụng các mẫu dò đặc hiệu để phát hiện DNA các loài vi khuẩn.
Tƣơng tự các công trình nghiên cứu trƣớc, Jang – Jih Lu và các cộng sự vào năm 2000 cũng đã thiết lập một cặp mồi chung trên gene 16S rRNA cho các loài vi khuẩn
Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Mycobacterium tuberculosis, Legionella pneumophila, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Proteus mirabilis, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis để thiết lập phản ứng PCR nhân bản đoạn có kích thƣớc 996 bp. Ở bƣớc 2 tác giả sử dụng enzyme cắt giới hạn phân cắt đoạn trình tự lớn 996 bp. Các sản phẩm PCR sau khi đã xử lý bằng enzyme sẽ đƣợc điện di trên gel polyacrylamide 6% và so sánh với thang chuẩn để xác định sự hiện diện của vi khuẩn trong dịch não tủy.
Qua một số công trình nghiên cứu trên, chúng tôi thấy hầu hết việc phát hiện vi khuẩn gây viêm màng não mủ đều trải qua bƣớc cơ bản là nhân bản 1 trình tự bảo tồn. Do đó, trong khuôn khổ khóa luận này chúng tôi tiến hành thu thập các trình tự gene
16S và 23S rRNA bảo tồn trên các loài vi khuẩn và lƣu trữ trong CSDL. Từ các trình tự này chúng tôi sử dụng phần mềm Primrose để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ.