Quy trình gồm cĩ 15 bƣớc nhƣ sau:
1. Cắt mẫu thành những miếng nhỏ (< 5 mm), nghiền mịn trong nitơ lỏng. Chú ý khơng để cho mẫu bị chảy nƣớc trong lúc nghiền.
2. Cho 60 mg mẫu đã nghiền vào tube 2 ml cĩ nắp đậy (cĩ sẵn trong kit). Hịa tan mẫu bằng dung dịch ly giải (lysis solution) (14µl PVP 2% + 700µl dung dịch ly giải cho mỗi mẫu). Tạo hỗn hợp dung dịch ly giải nhƣ sau: Hút 500 l -mercaptoethanol cho vào 50 ml dung dịch ly giải, hút 700 l dung dịch ly giải đã cĩ - mercaptoethanol cho vào eppendorf mới, thêm 14 l PVP vào.
3. Cho 700 µl dịch ly trích mẫu (lysis solution) đã bỗ sung PVP 2% vào tube chứa mẫu và trộn đều bằng pipet từ 12 - 15 lần.
4. Ly tâm với tốc độ 13000 vịng trong 3 phút ở 4oC. Sau đĩ hút dịch nổi sang tube 2 ml (cĩ trong kit).
5. Cho 700 µl ethanol 70% vào tube chứa dịch nổi, trộn đều bằng pipet cho đến khi dịch khơng cịn phân lớp.
6. Cho dịch hịa tan RNA (elution solution) vào bể điều nhiệt ở 70oC (chuẩn bị cho bƣớc 15). Cho RNA binding column vào tube 2 ml khơng cĩ nắp đậy.
7. Hút 700 µl dịch mẫu cho vào RNA binding column. Ly tâm ở tốc độ 12000 vịng trong 1 phút ở 4oC. Loại phần dịch bên dƣới ra khỏi tube (thực hiện nhiều lần cho đến khi hết mẫu thì thơi).
8. Cho 80 ml ethanol 100% vào 20 ml dịch rửa nhẹ (low stringency).
9. Cho 700 µl dịch rửa nhẹ (low stringency) đã bổ sung ethanol 100% vào RNA binding column. Ly tâm 12000 vịng trong 30 giây ở 4oC. Loại phần dịch bên dƣới.
10.Pha DNase I với 250 µl Tris base pH = 7,5, trộn đều.
11.Pha 5 µl DNase I với 75 µl dịch pha lỗng DNase (DNase delution solution) cho một mẫu ly trích trong tube 1,5 ml.
Cho 80 µl dung dịch DNase vào RNA binding column. Ủ 15 phút ở nhiệt độ phịng.
Ly tâm 12000 vịng trong 30 giây ở 4o
C. 12.Loại phần dịch bên dƣới.
13.Thêm 700 µl dịch rửa mạnh (high stringency wash solution) vào RNA binding column.
Ly tâm 12000 vịng trong 30 giây ở 4oC. Loại phần dịch bên dƣới.
14.Thêm 700 µl dịch rửa nhẹ (low stringency wash solution) vào RNA binding column.
Ly tâm 12000 vịng trong 30 giây ở 4o
C. Loại phần dịch bên dƣới.
Ly tâm tiếp 60 giây với tốc độ 12000 vịng ở 4oC để loại hồn tồn dịch rửa. 15.Cho RNA binding column vào tube 1,5 ml (cĩ trong kit) cĩ nắp đậy.
Cho 80 µl dịch hịa tan RNA (elution solution) đã ủ ở 70oC vào RNA binding column, giữ ở nhiệt độ phịng trong 60 giây.
RNA đem ủ ở 4oC để dùng sau.